<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Yes, this is a bug.<br>And it has been fixed already in 4.0.2.<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Tue, 18 Nov 2008 16:10:51 +0100<br>&gt; From: cseifert@bph.ruhr-uni-bochum.de<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: [gmx-users] Wrong calculation of runtime<br>&gt; <br>&gt; Hi.<br>&gt; <br>&gt; I use GMX4.0.2 on a Linux cluster.<br>&gt; <br>&gt; When I start my System (242224 atoms on 8CPUs), I can calculate about 1<br>&gt; ns/day. This is also shown at the end of the mdrun output(output is<br>&gt; marked by "#"):<br>&gt; #               NODE (s)   Real (s)      (%)<br>&gt; #       Time:    344.000    344.000    100.0<br>&gt; #                       5:44<br>&gt; #               (Mnbf/s)   (GFlops)   (ns/day)  (hour/ns)<br>&gt; #Performance:     52.212     14.794      1.005     23.889<br>&gt; #No previous checkpoint file present, assuming this is a new run.<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; But if I abort the run by using -maxh for the same system, the output<br>&gt; gets wrong. Here is an example for a test run: -maxh 0.1:<br>&gt; #starting mdrun 'test'<br>&gt; #1000000 steps,   2000.0 ps.<br>&gt; #step 0<br>&gt; #NOTE: Turning on dynamic load balancing<br>&gt; #<br>&gt; #vol 0.79! imb F  6% step 100, will finish Thu Nov 20 17:03:26 2008<br>&gt; #vol 0.79! imb F  4% step 200, will finish Thu Nov 20 15:55:17 2008<br>&gt; #vol 0.79! imb F  6% step 300, will finish Thu Nov 20 14:37:03 2008<br>&gt; #vol 0.79! imb F  5% step 400, will finish Thu Nov 20 14:39:24 2008<br>&gt; #vol 0.79! imb F  5% step 500, will finish Thu Nov 20 14:40:48 2008<br>&gt; #vol 0.79! imb F  5% step 600, will finish Thu Nov 20 14:41:45 2008<br>&gt; #vol 0.79! imb F  5% step 700, will finish Thu Nov 20 14:42:25 2008<br>&gt; #vol 0.79! imb F  9% step 800, will finish Thu Nov 20 14:42:55 2008<br>&gt; #vol 0.79! imb F  7% step 900, will finish Thu Nov 20 15:01:49 2008<br>&gt; #vol 0.79! imb F  8% step 1000, will finish Thu Nov 20 15:00:17 2008<br>&gt; #vol 0.79! imb F  8% step 1100, will finish Thu Nov 20 14:59:02 2008<br>&gt; #vol 0.79! imb F  8% step 1200, will finish Thu Nov 20 15:11:51 2008<br>&gt; #vol 0.79! imb F  7% step 1300, will finish Thu Nov 20 15:09:54 2008<br>&gt; #vol 0.79! imb F  8% step 1400, will finish Thu Nov 20 15:20:08 2008<br>&gt; #vol 0.79! imb F  8% step 1500, will finish Thu Nov 20 15:17:53 2008<br>&gt; #vol 0.80! imb F  8% step 1600, will finish Thu Nov 20 15:15:55 2008<br>&gt; #vol 0.79! imb F  8% step 1700, will finish Thu Nov 20 15:23:59 2008<br>&gt; #vol 0.79! imb F  8% step 1800, will finish Thu Nov 20 15:21:54 2008<br>&gt; #vol 0.80! imb F  8% step 1900, will finish Thu Nov 20 15:28:48 2008<br>&gt; #vol 0.79! imb F  8% step 2000, will finish Thu Nov 20 15:26:41 2008<br>&gt; #<br>&gt; #Step 2070: Run time exceeded 0.099 hours, will terminate the run<br>&gt; #vol 0.79! imb F  7%<br>&gt; #Step 2080: Run time exceeded 0.099 hours, will terminate the run<br>&gt; #step 2080, will finish Thu Nov 20 15:28:21 2008<br>&gt; #<br>&gt; # Average load imbalance: 7.1 %<br>&gt; # Part of the total run time spent waiting due to load imbalance: 3.1 %<br>&gt; # Steps where the load balancing was limited by -rdd, -rcon and/or -dds:<br>&gt; #X 9 %<br>&gt; #<br>&gt; #<br>&gt; #        Parallel run - timing based on wallclock.<br>&gt; #<br>&gt; #               NODE (s)   Real (s)      (%)<br>&gt; #       Time:    359.000    359.000    100.0<br>&gt; #                       5:59<br>&gt; #               (Mnbf/s)   (GFlops)   (ns/day)  (hour/ns)<br>&gt; #Performance:     52.071     14.749    481.337      0.050<br>&gt; #No previous checkpoint file present, assuming this is a new run.<br>&gt; <br>&gt; The ns/day value is totally wrong!<br>&gt; The job stopped after 0.1h=6min with 2000 steps. This equates 4000fs<br>&gt; <br>&gt; (4000fs / 6min) * 60 (min/h) * 24 (h/day) = 0.96 (ns/day)<br>&gt; <br>&gt; Is this a bug?<br>&gt; <br>&gt; Greetings,<br>&gt; Christian.<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; M. Sc. Christian Seifert<br>&gt; Department of Biophysics<br>&gt; University of Bochum<br>&gt; ND 04/67<br>&gt; 44780 Bochum<br>&gt; Germany<br>&gt; Tel: +49 (0)234 32 28363<br>&gt; Fax: +49 (0)234 32 14626<br>&gt; E-Mail: cseifert@bph.rub.de<br>&gt; Web: http://www.bph.rub.de<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>