<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><div id="yiv409159841">Hi,<br><br>I am new to gromacs and have a pretty basic question. I am using gromacs-3.3.3 to simulate glycine crystal growth. My system consists of glycine crystal surrounded by a solution of glycine in water (system size: 4.28 by 5.76 by 3.27 nm^3). I have been trying to find appropriate values for the cutoff distances (rvdw, rcoulomb) and corresponding rlist. I use GROMOS96 43a1 force field with PME  (pme_order = 4, rtol = 1e-5). <br><br>The examples given in the gromacs tutorial use rvdw = rlist = rcoulomb = 0.9 (with coulombtype = cutoff). I also found a couple of relevant journal articles that used these parameters. However, the manual suggests rvdw = 1.4 for grmos96 force field. When I did a gmx-users list search, I found some mdp files from various users that use vdw = rlist = rcoulomb = 0.9/1.0. Also, "Using PME" on page 78 of the
 manual 3.3 suggests rvdw = rlist = rcoulomb = 0.9<br><br>Based on sections 7.3.9 and 7.3.10, I think rlist = rcoulomb = 0.9, and rvdw = 1.4 would be appropriate. However, I am not completely sure and it would be great if someone can please recommend a set of values for these parameters (rlist, rvdw, rcoulomb) for coulombtype = PME. <br><br>Best,<br>Soumik<br><br><div id="RTEContent"><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div dir="ltr" style="margin-right: 0px;" align="left"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><div class="MsoAutoSig" style="margin: 0in 0in 0pt;"><a rel="nofollow" name="_MailAutoSig"><span><strong><font face="arial, helvetica, sans-serif"><font size="2">Soumik Banerjee</font></font></strong></span></a></div><font color="#8b8b8b" size="2">Max-Planck-Institute<br>for Dynamics of Complex Technical Systems<br>Sandtorstraße 1<br>39106 Magdeburg<br>Germany<br>Email: banerjee@mpi-magdeburg.mpg.de<br>Phone: +49 391
 6110 163 <br></font><br><div class="MsoAutoSig" style="margin: 0in 0in 0pt;"><a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.esm.vt.edu/murg"><span><span style="color: purple;"><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"></font></span></span><span></span></a><span></span><span style="color: black;"></span></div></font></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></td></tr></table><br>