<div>Thanks, Mark.&nbsp; That means I can set energygrp_excl&nbsp;= Protein Protein, then I can get rid of&nbsp; those parameter&nbsp;which&nbsp;are related to electrostatics, Vdw( like rcoulomb, vdw-type, rvdw, rvdw-switch, etc).&nbsp; Am I right? </div>

<div>Thanks so much. </div>
<div>-Xianghong Qi<br><br></div>
<div class="gmail_quote">On Tue, Nov 18, 2008 at 7:19 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div class="Ih2E3d">xianghong qi wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Dear &nbsp;all:<br><br>I have a simple system which has two methane molecules with water. Now I need turn off the intermolecular interactions between these two methanes and just run<br>
simulation. So I can get the random placement of two methanes. &nbsp;The question is how to turn off the intermolecular interaction. Does anyone have suggestions for that?<br></blockquote><br></div>Look for &quot;energy group exclusions&quot; in the manual.<br>
<br>Mark<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Some people make the world more special just by being in it.<br>