<br>Dear all,<br><br>I encountered a problem in alchemistry free energy calculations:<br><br>In my simulations a group (A) is to be changed to (B) in a molecule, while the atom numbers n(A) is not equal to n(B).<br>A scheme is to include both A and B in the same topology file and switch on/off the B/A charges and vdw interactions.<br>


And interactions between A and B were excluded in the simulations. However, the vibration mode would not be correct <br>for both A and B state.<br><br>Another scheme is to change the corresponding atoms to zero mass dummy atoms or from them. In this case, there will be<br>


no interactions on the dummy atoms, either bonded or non-bonded interactions. <br><br>I don&#39;t know if these schemes are correct and if there is any other more reasonable schemes. In my simulations I prefered the <br>

later one and thus the problems came. <br>
In state of lambda=0 or =1, since there are dummy atoms with no force on them, (sometimes with velocities, e.g. from <br>the
last lambda simulation),&nbsp; the&nbsp; dummy atoms often bring forth errors,
for example, 1-4 distance too large, neighbor list error<br>
and segmentation fault. Bond constraints seems work but it might not be reasonable for heavy atoms.<br><br>Any suggestions would be appreciated.<br><br><br><br><br>Lifeng Zhao