<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
  <title></title>
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Dear users<br>
<br>
I would like to perform a MD simulation of Sedoheptulose (C<sub>7</sub>H<sub>14</sub>O<sub>7</sub>)
via Gromacs. But already during pdb2gmx it comes up with:<br>
"Residue 'UNK' not found in residue topology database" which is
obviously clear since sedoheptulose is not an amino acid. Is it somehow
possible to simulate this molecule?<br>
<br>
the sedoheptulose data to start from is:<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; C&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.442&nbsp;&nbsp; 2.742&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp;
0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C+0<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; C&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.108&nbsp;&nbsp; 3.512&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp;
0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C+0<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; C&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.774&nbsp;&nbsp; 2.742&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp;
0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C+0<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; C&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.559&nbsp;&nbsp; 3.512&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp;
0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C+0<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; C&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.893&nbsp;&nbsp; 2.742&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp;
0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C+0<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; C&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.227&nbsp;&nbsp; 3.512&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp;
0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C+0<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; O&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.774&nbsp;&nbsp; 1.202&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp;
0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O+0<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; O&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.559&nbsp;&nbsp; 5.052&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp;
0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O+0<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; O&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.893&nbsp;&nbsp; 1.202&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp;
0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O+0<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; O&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.775&nbsp;&nbsp; 3.512&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp;
0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O+0<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; O&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.108&nbsp;&nbsp; 5.052&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp;
0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O+0<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; H&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -6.109&nbsp;&nbsp; 2.742&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp;
0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H+0<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp; H&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.774&nbsp;&nbsp; 5.822&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp;
0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H+0<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; H&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.893&nbsp;&nbsp; 5.822&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp;
0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H+0<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp; H&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.559&nbsp;&nbsp; 0.432&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp;
0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H+0<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp; H&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.227&nbsp;&nbsp; 0.432&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp;
0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H+0<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp; C&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.560&nbsp;&nbsp; 2.742&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp;
0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C+0<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp; O&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.894&nbsp;&nbsp; 3.512&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp;
0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O+0<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; H&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.228&nbsp;&nbsp; 2.742&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp;
0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H+0<br>
ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp; O&nbsp;&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.227&nbsp;&nbsp; 5.052&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp;
0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O+0<br>
<br>
cheers<br>
bernhard<br>
<pre class="moz-signature" cols="72">
</pre>
</body>
</html>