<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hello,<br><br>(I remind you that my initial system is a monoclinic crystal, which is a sub categorie to triclinic boxes)<br><br>compiling gromacs 4.0.2 with fftw3.2 and having the skew problem, now even in less steps than before, I face this:<br><br>Not all bonded interactions have been properly assigned to the domain decomposition cells<br><br>A list of missing interactions:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14 of&nbsp; 15408 missing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br><br>Molecule type 'molec'<br>the first 10 missing interactions, except for exclusions:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14 atoms&nbsp;&nbsp; 44&nbsp;&nbsp; 55&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; global&nbsp; 1881&nbsp;
 1892<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program mdrun, VERSION 4.0.2<br>Source code file: domdec_top.c, line: 341<br><br>Fatal error:<br>1 of the 24208 bonded interactions could not be calculated because some atoms involved moved further apart than the multi-body cut-off distance (0.74473 nm) or<br>the two-body cut-off distance (0.895 nm), see option -rdd, for pairs and tabulated bonds also see option -ddcheck<br><br>I'm using the switch spline option and the second cut-off is the one I'm using. I do not know how the first cut-off is calculated. <br><br>Also I get messages about : correcting invalid box during the simulation.<br><br>Should I change anything to my files and/or to the options of grompp, and if the answer is affirmative which of them?<br><br>Thank you,<br>Nikos<br><br></td></tr></table><br>