<div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">On Wed, Nov 19, 2008 at 2:14 PM, Zhao Lifeng &lt;<a href="mailto:zhao.lf@gmail.com">zhao.lf@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>

<br>
&gt;<br>
&gt; Dear all,<br>
&gt;<br>
&gt; I encountered a problem in alchemistry free energy calculations:<br>
&gt;<br>
&gt; In my simulations a group (A) is to be changed to (B) in a molecule, while<br>
&gt; the atom numbers n(A) is not equal to n(B).<br>
&gt; A scheme is to include both A and B in the same topology file and switch<br>
&gt; on/off the B/A charges and vdw interactions.<br>
&gt; And interactions between A and B were excluded in the simulations. However,<br>
&gt; the vibration mode would not be correct<br>
&gt; for both A and B state.<br>
&gt;<br>
&gt; Another scheme is to change the corresponding atoms to zero mass dummy<br>
&gt; atoms or from them. In this case, there will be<br>
&gt; no interactions on the dummy atoms, either bonded or non-bonded<br>
&gt; interactions.<br>
&gt;<br>
&gt; I don&#39;t know if these schemes are correct and if there is any other more<br>
&gt; reasonable schemes. In my simulations I prefered the<br>
&gt; later one and thus the problems came.<br>
&gt; In state of lambda=0 or =1, since there are dummy atoms with no force on<br>
&gt; them, (sometimes with velocities, e.g. from<br>
&gt; the last lambda simulation), &nbsp;the &nbsp;dummy atoms often bring forth errors,<br>
&gt; for example, 1-4 distance too large, neighbor list error<br>
&gt; and segmentation fault. Bond constraints seems work but it might not be<br>
&gt; reasonable for heavy atoms.<br>
&gt;<br>
&gt; Any suggestions would be appreciated.<br>
<br>
<br>
Hello,<br>
<br>
I have used schemes similar to the one you described and to circumvent the<br>
problems associated with growing or disappearing particles out &nbsp;of nothing I<br>
used soft-core interactions and manipulated the soft-core parameters to get<br>
&quot;nice&quot; dgdl curves. Hope &nbsp;this helps.<br>
<br>
Diana Lousa<br>
PhD student<br>
Protein Modelling &nbsp;Laboratory<br>
ITQB/UNL<br>
Oeiras, Portugal<br>
<br>
&gt;<br>
&gt; Lifeng Zhao<br></blockquote></div><br><br>Thanks Diana. But softcore does not help for it only affect vdw interactions. <br>In my TI simulation case, the dummy atoms has no mass and the bond interactions <br>are turned off. (If bond interactions were not turned off there would produce <br>
a segmentation fault for forces on zero mass.) <br><br>Lifeng Zhao<br>