<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>In 3 C and O are not atom names, but bonded atom types.<br>OPLS has non-bonded atom types opls_???<br>which in turn have bonded atom types.<br>There are far less bonded atom types then there<br>are non-bonded atom types.<br><br>Different force fields are set up in different ways.<br>OPLS is simple in some respects and more complex<br>in this respect (this is not a Gromacs but an OPLS issue).<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Fri, 21 Nov 2008 14:32:25 +0800<br>&gt; From: friendli2000@gmail.com<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] OPLSAA parameters<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; So to obtain the parameters(e.g. bonds) in topology file,<br>&gt; 1,  read bond atoms in .top (e.g.  1   2)<br>&gt; 2,  find atom types of  the bond atoms in .top (e.g.  oplsaa_235, <br>&gt; oplsaa_236)<br>&gt; 3,  find atom names of the above atom types in ffoplsaanb.itp (e.g.  C, O)<br>&gt; 4,  check parameters in ffoplsaabon.itp<br>&gt; <br>&gt; Is that right? why it comes to such complex in GMX?<br>&gt; <br>&gt; thanks<br>&gt; <br>&gt; Qiang<br>&gt; <br>&gt; Mark Abraham wrote:<br>&gt; &gt; friendli wrote:<br>&gt; &gt;&gt; In ffoplsaa.rtp, I find atom name CG and OG1 corresponds to atom type <br>&gt; &gt;&gt; opls_235 and opls_236.<br>&gt; &gt;&gt; While in oplsaanb.itp, the atom type opls_235 and opls_236 <br>&gt; &gt;&gt; corresponds to atom "name"(as display in titles in oplsaanb.itp) C <br>&gt; &gt;&gt; and O.<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; why there are two different "name"s for the same atom? what is the <br>&gt; &gt;&gt; difference?<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Different force fields use the machinery differently, but I can't <br>&gt; &gt; think of a purpose for the atom name field in the parameter .itp file <br>&gt; &gt; if there is a separate atom type.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; The purpose of atom names, residue names and residue numbering in a <br>&gt; &gt; pre-pdb2gmx structure file is to look up the right atom types in the <br>&gt; &gt; .rtp file and write them to the .top file. The purpose of the atom <br>&gt; &gt; types in the .top file is to look up the right parameters in the .itp <br>&gt; &gt; file when running grompp. At that point, atom names are probably just <br>&gt; &gt; for user convenience.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Mark<br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before <br>&gt; &gt; posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www <br>&gt; &gt; interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>