I am trying to setup a simulation with a ligand and a protein using ffamber99 forcefield. I have already generated the ligand&#39;s topology file using acpypi and everything seems to be all right in the files generated. However, while following the steps in the drug enzyme tutorial provided in the gromacs&#39; web site, after i add the ligand to my protein&#39;s .gro file and edit the lines in my topology file to include the ligand&#39;s topology, when i type the command editconf, my ligand dissapears from my .gro file. The .gro generated from my original ligand-protein complex.gro does not include my ligand coordinates whatsoever.<br>
I&#39;ve tested this procedure once with a different system using ffgmx forcefields and everything went all right. However, now that i am using ffamber99 forcefield everything seems to be working against me. It took me quite some time to figure out how to generate topology files for ligands with this forcefield. So I would really aprecciate some help on the matter.<br>
Thank you in advance<br>Fabrício Bracht<br>