<div>Hi,&nbsp;I did a little test and I answered myself to the previous question.&nbsp;</div><div>I changed the size of the chain for the calculation of the average of dH / dlambda&nbsp;</div><div>(in this case I used a lambda of 0.56). I did time average ranging from 5 to 800ps&nbsp;</div>
<div>and it seems that convergence is achieved in 500ps.&nbsp;I show this link (<a href="http://cromo.ufabc.edu.br/~fileti/web/teste.jpg">http://cromo.ufabc.edu.br/~fileti/web/teste.jpg</a>)&nbsp;</div><div>another test, done with a simulation of 60ps and the other with simulations of 500ps.&nbsp;</div>
<div>The difference is really significant.&nbsp;</div><div>Thank you&nbsp;</div><div>eef</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;std. dev. &nbsp; &nbsp;relative deviation of</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; standard &nbsp; &nbsp; &nbsp; --------- &nbsp; cumulants from those of</div>
<div>ps &nbsp;set &nbsp; &nbsp; &nbsp;average &nbsp; &nbsp; &nbsp; deviation &nbsp; &nbsp; &nbsp;sqrt(n-1) &nbsp; a Gaussian distribition &nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; cum. 3 &nbsp; cum. 4</div><div>5 &nbsp; SS1 &nbsp; 7.281215e+00 &nbsp; 8.698810e+01 &nbsp; 1.739762e+00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.495 &nbsp; &nbsp;0.035</div>
<div>10 &nbsp;SS1 &nbsp;-4.733164e+01 &nbsp; 9.785019e+01 &nbsp; 1.383949e+00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.316 &nbsp; &nbsp;0.081</div><div>50 &nbsp;SS1 &nbsp;-1.446265e+02 &nbsp; 1.259265e+02 &nbsp; 7.964448e-01 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.265 &nbsp; &nbsp;0.137</div><div>100 SS1 &nbsp;-1.569191e+02 &nbsp; 1.263488e+02 &nbsp; 5.650547e-01 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.283 &nbsp; &nbsp;0.143</div>
<div>150 SS1 &nbsp;-1.705959e+02 &nbsp; 1.368184e+02 &nbsp; 4.995934e-01 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.441 &nbsp; &nbsp;0.308</div><div>200 SS1 &nbsp;-1.716524e+02 &nbsp; 1.394289e+02 &nbsp; 4.409153e-01 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.418 &nbsp; &nbsp;0.206</div><div>300 SS1 &nbsp;-1.623856e+02 &nbsp; 1.388673e+02 &nbsp; 3.585549e-01 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.411 &nbsp; &nbsp;0.197</div>
<div>400 SS1 &nbsp;-1.566392e+02 &nbsp; 1.377266e+02 &nbsp; 3.079668e-01 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.417 &nbsp; &nbsp;0.184</div><div>500 SS1 &nbsp;-1.562670e+02 &nbsp; 1.365481e+02 &nbsp; 2.730968e-01 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.389 &nbsp; &nbsp;0.133</div><div>600 SS1 &nbsp;-1.513204e+02 &nbsp; 1.364305e+02 &nbsp; 2.490872e-01 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.373 &nbsp; &nbsp;0.115</div>
<div>700 SS1 &nbsp;-1.500829e+02 &nbsp; 1.351678e+02 &nbsp; 2.284756e-01 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.375 &nbsp; &nbsp;0.130</div><div>800 SS1 &nbsp;-1.506230e+02 &nbsp; 1.350716e+02 &nbsp; 2.191153e-01 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.372 &nbsp; &nbsp;0.121</div><div><br></div>_______________________________________<br>
Eudes Eterno Fileti<br>Centro de Ciências Naturais e Humanas<br>Universidade Federal do ABC<br>Rua Santa Adélia, 166 - Bloco B, Sala 1048<br>09210-170 &nbsp;Santo André - SP Brasil<br>+55.11.4437-8408<br>skype: eefileti<br><a href="http://cromo.ufabc.edu.br/~fileti/">http://cromo.ufabc.edu.br/~fileti/</a><br>

<br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Nov 22, 2008 at 4:30 PM, Eudes Fileti <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:fileti@ufabc.edu.br">fileti@ufabc.edu.br</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Hi all,<div>I am performing some free energy test calculations&nbsp;<div>for benzene in water. How long should I run a simulation&nbsp;</div><div>so that I get reliable result on my test?<br clear="all">Thanks</div><div>eef</div><div>

_______________________________________<br>Eudes Eterno Fileti<br>Centro de Ciências Naturais e Humanas<br>Universidade Federal do ABC<br>Rua Santa Adélia, 166 - Bloco B, Sala 1048<br>09210-170 &nbsp;Santo André - SP Brasil<br>

+55.11.4437-8408<br>skype: eefileti<br><a href="http://cromo.ufabc.edu.br/~fileti/" target="_blank">http://cromo.ufabc.edu.br/~fileti/</a><br>
</div></div>
</blockquote></div><br>