hello everyone,<br><br>After doing md simulation with no. of steps 1 ns ,my peptide which is of 7-8 residue move out of the boundary of water box.<br><br>tell me what shd i do get rid of this problem.<br>Also i want to know about the wall of the box, whether it is permeable or semi-permiable.<br>
this is very silly question.<br>Is there something, from which i can know about the dimension of the box and about the membrane so that i can change it when i have to simulate a peptide<br><br>Thanks in advance<br>Bhawana<br>