<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>That&nbsp; is an annoying bug.<br>I fixed it for 4.0.3.<br>If you want it fixed now, the diff is below.<br><br>Berk<br><br><br>RCS file: /home/gmx/cvs/gmx/src/kernel/gmxcpp.c,v<br>retrieving revision 1.9<br>diff -r1.9 gmxcpp.c<br>121,122c121,122<br>&lt;&nbsp;&nbsp; sscanf(define,"%s",name);<br>&lt;&nbsp;&nbsp; ptr = define + strlen(name);<br>---<br>&gt;&nbsp;&nbsp; sscanf(define,"%s%n",name,&amp;i);<br>&gt;&nbsp;&nbsp; ptr = define + i;<br><br><br>&gt; Date: Tue, 25 Nov 2008 16:32:57 -0500<br>&gt; From: chris.neale@utoronto.ca<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: [gmx-users] correct processing of #define statements by grompp in gromacs 4.0.2 requires exactly one space after #define<br>&gt; <br>&gt; When two spaces are included the #define KEYWORD is incompletely removed <br>&gt; from the file.<br>&gt; In case my conclusion about the exact nature of the error is incorrect, <br>&gt; here is more information.<br>&gt; <br>&gt; I have a ffcharmbon.itp file that contains:<br>&gt; <br>&gt; [ dihedraltypes ]<br>&gt; #define  improper_NC2_X_X_C_  180.00000  83.68000  2<br>&gt; <br>&gt; And an .itp file that contains:<br>&gt; <br>&gt; [ dihedrals ]<br>&gt;     1     2     5     8     1             improper_NC2_X_X_C_<br>&gt; <br>&gt; where grompp -pp returns<br>&gt; <br>&gt; [ dihedrals ]<br>&gt;     1     2     5     8     1             _  180.00000  83.68000  2<br>&gt; <br>&gt; and the floating '_' character causes the error message:<br>&gt; <br>&gt; ERROR 1 [file my.itp, line 77]:<br>&gt;   No default Proper Dih. types<br>&gt; <br>&gt; I tried to fix this by removing the trailing underscore character from <br>&gt; my defined string in both files,<br>&gt; but now I get a trailing 'C'<br>&gt; <br>&gt; [ dihedrals ]<br>&gt;     1     2     5     8     1             C  180.00000  83.68000  2<br>&gt; <br>&gt; So it appears that the define statement is simply not being entirely <br>&gt; removed.<br>&gt; <br>&gt; When I then replaced<br>&gt; #define  improper_NC2_X_X_C_  180.00000  83.68000  2<br>&gt; by<br>&gt; #define improper_NC2_X_X_C_  180.00000  83.68000  2<br>&gt; (only one space between '#define' and 'improper...')<br>&gt; it works correctly.<br>&gt; <br>&gt; Note that cpp handled this original define statement properly in gromacs <br>&gt; 3.3.1.<br>&gt; <br>&gt; Chris.<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>