I am working with a protein-ligand complex in gromacs with ffamber99 forcefield. I was able to generate the topology file for my ligand with acpypi. Was also able to insert the ligand coordinates into my protein&#39;s coordinate file. Was also able to generate the water box with genbox. The number of molecules all match, the ligand coordinates are still there but grompp tells me that:<br>
Fatal error:<br>Found a second defaults directive, file &quot;ligand.itp&quot;, line 5<br>I&#39;ve checked wikigromacs, but the solution given there, to simply erase the second default line does not suit me here. Once I do this, i mean, go to my ligand.itp file and put a ; before my default section, grompp does not recognize anymore that my ligand is there and gives out another error line.<br>
I would like some advice on the matter if possible.<br>Thank you in advance<br>Fabrício Bracht<br>