<div>Hi Tsjerk:</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>One of my friends combines&nbsp;popc information into G53a6</div>
<div>that&#39;s why i try to use G53a6.</div>
<div>If its not working, which force field should i choose?</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Best regards,</div>
<div>Jenny<br><br></div>
<div class="gmail_quote">2008/11/28 Tsjerk Wassenaar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Hi Jenny,<br><br>The files lipid.itp/popc.itp contain references to atom types which<br>are not in the G53a6 force field; that combination just doesn&#39;t work.<br>
lipid.itp/popc.itp were written to be used with another force field.<br>It&#39;s generally not a good idea to mix force fields.<br><br>Cheers,<br><br>Tsjerk<br>
<div>
<div></div>
<div class="Wj3C7c"><br>On Fri, Nov 28, 2008 at 8:58 AM, Jenny Hsu &lt;<a href="mailto:jenny.h1087@gmail.com">jenny.h1087@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>&gt; Hi all:<br>&gt; I have a problem with grompp<br>&gt; I want to making &quot;POPC+protein&quot; file<br>
&gt; and I search the archieve and follow the process<br>&gt; 1.run pdb2gmx for protein only<br>&gt; 2.add below parameters into my topology file<br>&gt; &nbsp;#include &quot;ffG53a6.itp&quot;<br>&gt; &nbsp;#include &quot;lipid.itp&quot;<br>
&gt; &nbsp;#include &quot;popc.itp&quot;<br>&gt; 3.adjust the [ molecules ] section to list the number and type of my<br>&gt; components<br>&gt; 4.run editconf and genbox<br>&gt; 5.run grompp and it shows<br>&gt; Fatal error:<br>
&gt; Atomtype CA not found<br>&gt;<br>&gt; Below is all information it shows<br>&gt; Can someone help me to solve this problem?<br>&gt; I am appreciate with that.<br>&gt; Thaks.<br>&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; :-) &nbsp;G &nbsp;R &nbsp;O &nbsp;M &nbsp;A &nbsp;C &nbsp;S &nbsp;(-:<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Getting the Right Output Means no Artefacts in Calculating Stuff<br>&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;:-) &nbsp;VERSION 4.0 &nbsp;(-:<br>&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,<br>&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; check out <a href="http://www.gromacs.org/" target="_blank">http://www.gromacs.org</a> for more information.<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;This program is free software; you can redistribute it and/or<br>&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License<br>&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;of the License, or (at your option) any later version.<br>&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; :-) &nbsp;grompp &nbsp;(-:<br>&gt; Option &nbsp; &nbsp; Filename &nbsp;Type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Description<br>&gt; ------------------------------------------------------------<br>
&gt; &nbsp; -f &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; em.mdp &nbsp;Input, Opt! &nbsp;grompp input file with MD parameters<br>&gt; -po &nbsp; &nbsp; &nbsp;mdout.mdp &nbsp;Output &nbsp; &nbsp; &nbsp; grompp input file with MD parameters<br>&gt; &nbsp; -c 1UEO-nowater_water.gro &nbsp;Input &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Structure file: gro g96 pdb tpr<br>
&gt; tpb<br>&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;tpa<br>&gt; &nbsp; -r &nbsp; &nbsp; &nbsp; conf.gro &nbsp;Input, Opt. &nbsp;Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>&gt; -rb &nbsp; &nbsp; &nbsp; conf.gro &nbsp;Input, Opt. &nbsp;Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>
&gt; &nbsp; -n &nbsp; &nbsp; &nbsp;index.ndx &nbsp;Input, Opt. &nbsp;Index file<br>&gt; &nbsp; -p 1UEO-nowater.top &nbsp;Input &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Topology file<br>&gt; -pp &nbsp;processed.top &nbsp;Output, Opt. Topology file<br>&gt; &nbsp; -o 1UEO-nowater_em.tpr &nbsp;Output &nbsp; &nbsp; &nbsp; Run input file: tpr tpb tpa<br>
&gt; &nbsp; -t &nbsp; &nbsp; &nbsp; traj.trr &nbsp;Input, Opt. &nbsp;Full precision trajectory: trr trj cpt<br>&gt; &nbsp; -e &nbsp; &nbsp; &nbsp; ener.edr &nbsp;Input, Opt. &nbsp;Energy file: edr ene<br>&gt; Option &nbsp; &nbsp; &nbsp; Type &nbsp; Value &nbsp; Description<br>&gt; ------------------------------------------------------<br>
&gt; -[no]h &nbsp; &nbsp; &nbsp; bool &nbsp; no &nbsp; &nbsp; &nbsp;Print help info and quit<br>&gt; -nice &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;int &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; Set the nicelevel<br>&gt; -[no]v &nbsp; &nbsp; &nbsp; bool &nbsp; yes &nbsp; &nbsp; Be loud and noisy<br>&gt; -time &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;real &nbsp; -1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;Take frame at or first after this time.<br>
&gt; -[no]rmvsbds bool &nbsp; yes &nbsp; &nbsp; Remove constant bonded interactions with virtual<br>&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; sites<br>&gt; -maxwarn &nbsp; &nbsp; int &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; Number of allowed warnings during input<br>&gt; processing<br>
&gt; -[no]zero &nbsp; &nbsp;bool &nbsp; no &nbsp; &nbsp; &nbsp;Set parameters for bonded interactions without<br>&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; defaults to zero instead of generating an error<br>&gt; -[no]renum &nbsp; bool &nbsp; yes &nbsp; &nbsp; Renumber atomtypes and minimize number of<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; atomtypes<br>&gt; Ignoring obsolete mdp entry &#39;title&#39;<br>&gt; Ignoring obsolete mdp entry &#39;cpp&#39;<br>&gt; Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.2#<br>&gt; checking input for internal consistency...<br>
&gt; processing topology...<br>&gt; Opening library file /usr/local/md/share/gromacs/top/ffG53a6.itp<br>&gt; Opening library file /usr/local/md/share/gromacs/top/ffG53a6nb.itp<br>&gt; Opening library file /usr/local/md/share/gromacs/top/ffG53a6bon.itp<br>
&gt; Opening library file /usr/local/md/share/gromacs/top/ff_dum.itp<br>&gt; WARNING 1 [file lipid.itp, line 14]:<br>&gt; &nbsp; Overriding atomtype LO<br>&gt; WARNING 2 [file lipid.itp, line 15]:<br>&gt; &nbsp; Overriding atomtype LOM<br>
&gt; WARNING 3 [file lipid.itp, line 16]:<br>&gt; &nbsp; Overriding atomtype LNL<br>&gt; WARNING 4 [file lipid.itp, line 17]:<br>&gt; &nbsp; Overriding atomtype LC<br>&gt; WARNING 5 [file lipid.itp, line 18]:<br>&gt; &nbsp; Overriding atomtype LH1<br>
&gt; WARNING 6 [file lipid.itp, line 19]:<br>&gt; &nbsp; Overriding atomtype LH2<br>&gt; WARNING 7 [file lipid.itp, line 20]:<br>&gt; &nbsp; Overriding atomtype LP<br>&gt; WARNING 8 [file lipid.itp, line 21]:<br>&gt; &nbsp; Overriding atomtype LOS<br>
&gt; WARNING 9 [file lipid.itp, line 22]:<br>&gt; &nbsp; Overriding atomtype LP2<br>&gt; WARNING 10 [file lipid.itp, line 23]:<br>&gt; &nbsp; Overriding atomtype LP3<br>&gt; WARNING 11 [file lipid.itp, line 24]:<br>&gt; &nbsp; Overriding atomtype LC3<br>
&gt; WARNING 12 [file lipid.itp, line 25]:<br>&gt; &nbsp; Overriding atomtype LC2<br>&gt; WARNING 13 [file lipid.itp, line 108]:<br>&gt; &nbsp; Overriding non-bonded parameters,<br>&gt; &nbsp; old: 0.00238804 3.38411e-06 new<br>&gt; LNL &nbsp; &nbsp; C &nbsp; 1 &nbsp; 2.387718e-03 2.389594e-06<br>
&gt; -------------------------------------------------------<br>&gt; Program grompp, VERSION 4.0<br>&gt; Source code file: toppush.c, line: 793<br>&gt; Fatal error:<br>&gt; Atomtype CA not found<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; --<br>
&gt; Jenny Hsu, Biotechnology Dept.,<br>&gt; Ming Chuan University, Taiwan, R.O.C<br>&gt;<br></div></div>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;<br><br><br><br>--<br>Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>Junior UD (post-doc)<br>Biomolecular NMR, Bijvoet Center<br>Utrecht University<br>Padualaan 8<br>3584 CH Utrecht<br>The Netherlands<br>P: +31-30-2539931<br>F: +31-30-2537623<br>
_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Jenny Hsu, Biotechnology Dept., <br>
Ming Chuan University, Taiwan, R.O.C<br>