<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">
<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>

<meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EstiloCorreo17
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page Section1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:70.85pt 3.0cm 70.85pt 3.0cm;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>
<!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>

<body lang=ES-MX link=blue vlink=purple>

<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Dear Zgzhang,<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>I am interested in your answer to your own question since I
asked basically the same several months ago, could you explain it better?<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Angel.<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'>

<p class=MsoNormal><b><span lang=ES style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>De:</span></b><span
lang=ES style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>
gmx-users-bounces@gromacs.org [mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org] <b>En
nombre de </b>Zhang Zhigang<br>
<b>Enviado el:</b> jueves, 27 de noviembre de 2008 04:28 a.m.<br>
<b>Para:</b> gmx-users@gromacs.org<br>
<b>Asunto:</b> [gmx-users] Re: About entropic contribution to the potential of
mean force<o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal>I've got it! Thanks myself. ^_^<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>So, it seems that the prior calculations by, i.e. Ciccotti,
et al, Chem. Phys. 129, 241 (1989), Guardia, et al, J. Chem. Phys. 95, 2823
(1991) are flawy since they have not corrected the entropic effects at all.<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Cheers,<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>zgzhang<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p>

</div>

<blockquote style='border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0cm 0cm 0cm 6.0pt;
margin-left:4.8pt;margin-right:0cm'>

<p class=MsoNormal>Date: Wed, 26 Nov 2008 15:55:05 +0800<br>
From: &quot;Zhang Zhigang&quot; &lt;<a href="mailto:zgzhangcn@gmail.com">zgzhangcn@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: [gmx-users] About entropic contribution to the potential of<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;mean &nbsp; &nbsp;force<br>
To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Message-ID:<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a
href="mailto:eb7072fb0811252355w4d9e1df9x1cc89eb3bdba3b8c@mail.gmail.com">eb7072fb0811252355w4d9e1df9x1cc89eb3bdba3b8c@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
Hi,<br>
&nbsp; &nbsp;In the manual of gromacs, the entropic contribution to the pmf is<br>
emphasized. In my opinion, this contribution is originated from the<br>
rotations of the constrained groups.<br>
&nbsp; &nbsp;However, according to the manual suggestion, &quot;...when
calculating a PMF<br>
between two solutes in a solvent, for the purpose of simulating without<br>
solvent, the entropic contribution should be removed.&quot; I'm really confused<br>
with this.<br>
&nbsp; &nbsp;If, e.g., in a infinite dilute solution of NaCl (only one Na+ and
Cl-<br>
and many water molecules), I want to calculate the potential of mean force<br>
of NaCl, should I count the contributions from the entropic effects?<br>
&nbsp; &nbsp;According to Hess et al., (2006), JCP, 124: 164509, this effect
should<br>
surely be added.<br>
&nbsp; &nbsp;So, any one experienced with similar researches can give me an
answer<br>
for this: when should I add the entropic contribution to the pmfs? and, what<br>
the really physical explanation for this effect?<br>
&nbsp; &nbsp;Thanks in advance!<br>
<br>
Regards,<br>
<br>
zgzhang<o:p></o:p></p>

</blockquote>

</div>

</div>

</body>

</html>