<div>Dear Angel,</div>
<div>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Firstly I would quote a sentence of the manual: &quot;Whether one needs to correct for this contribution depends on what the PMF should represent.&quot;</div>
<div>&nbsp;&nbsp; Secondly, in my opinion, the so-called entropic contribution to the PMF (we abbreviate it as P0) is a kind of reference PMF. That is to say,&nbsp;P0 is just the PMF of two non-interacting masses (originated from centrifugal force). </div>

<div>&nbsp;&nbsp; So,&nbsp;if&nbsp;we are interested in the &quot;absolute&quot; PMF, e.g. pull a substrate into a protein, P0 is surely not be substracted from PMF; otherwise, if we are interested in &quot;excess&quot; PMF, e.g. ionic PMF with the aim of inversion of radial distribution function (which is calculated with the reference of ideal gas), then P0 should be removed.</div>

<div>&nbsp;</div>
<div>zgzhang</div>
<div><br>&nbsp;</div>
<div class="gmail_quote">
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Date: Fri, 28 Nov 2008 22:55:18 +0100<br>From: ?ngel Pi?eiro &lt;<a href="mailto:angel.pineiro@usc.es">angel.pineiro@usc.es</a>&gt;<br>
Subject: RE: [gmx-users] Re: About entropic contribution to the<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;potential &nbsp; &nbsp; &nbsp; of &nbsp; &nbsp; &nbsp;mean force<br>To: &quot;&#39;Discussion list for GROMACS users&#39;&quot; &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;007401c951a4$0178f340$046ad9c0$@<a href="mailto:pineiro@usc.es">pineiro@usc.es</a>&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br><br>Dear Zgzhang,<br><br>I am interested in your answer to your own question since I asked basically<br>
the same several months ago, could you explain it better?<br><br><br><br>Angel.<br><br></blockquote></div>