For some&nbsp;of the cases, all the .tpr files contain the same information except the coupling temperature. Isn&#39;t it elegant to add one more option for the specification of a list of temperatures for REMD simulation and incorporate all the information into a unique .tpr file?<br>
<br>
<div class="gmail_quote">2008/12/2 Yang Ye <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:leafyoung@yahoo.com">leafyoung@yahoo.com</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">each tpr contains only one temperature.<br>
<div>
<div></div>
<div class="Wj3C7c"><br>On Tue, Dec 2, 2008 at 1:29 PM, Lee Soin &lt;<a href="mailto:nomadoro@gmail.com">nomadoro@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>&gt; Hi, everyone!<br>&gt; There&#39;s something that I&#39;m not clear about REMD in gromacs. Since all the<br>
&gt; inputs are unified into a unique .tpr file, why should the REMD options<br>&gt; -multi and -replex be sprcified as mdrun arguments instead of being<br>&gt; integrated into the same .tpr file?<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; Sun Li<br>
&gt; Department of Physics<br>&gt; Nanjing University, China<br>&gt;<br></div></div>
<div class="Ih2E3d">&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>&gt;<br><br><br><br></div>--<br>Regards,<br><font color="#888888">Yang Ye<br>
</font>
<div>
<div></div>
<div class="Wj3C7c">_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Sun Li<br>Department of Physics<br>
Nanjing University, China<br>