<P>
&nbsp; Hi everybody,<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  I am having a doubt whether I have understood the concepts of Replica <BR>
exchange molecular dynamics correctly or not.<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; When a pair of replicas are exchanged, the one at higher temperature thet has <BR>
higher velocities, (which are rescaled after the exchange) comes with a higher energy. It's <BR>
kinetic energy gets reduced as velocities are rescaled. Thus its potential energy increases.<BR>
<BR>
What happens to the replica that was at lower temperature? It's velocities need to be increased <BR>
to maintain the temperature. What happens to it's potential energy then?<BR>
<BR>
I may be missing a very basic point and any suggestion regarding this will be highly helpful.<BR>
<BR>
Thanking you,<BR>
Sarbani<BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-default.htm/1050715198@Middle5/2206641_2199021/2201651/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2206641_2199021/creative_2201651.gif'  alt='Rediff Shopping'  border=0></a></td></TR></Table>