<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi,<br><br>I am sorry that I am repeating an earlier email that I sent out to the list. I did not receive a reply. It would indeed be very useful for me to have some input on this.<br><br>I am new to gromacs and have a pretty basic question. I am
using gromacs-3.3.3 to simulate glycine crystal growth. My system
consists of glycine crystal surrounded by a solution of glycine in
water (system size: 4.28 by 5.76 by 3.27 nm^3). I have been trying to
find appropriate values for the cutoff distances (rvdw, rcoulomb) and
corresponding rlist. I use GROMOS96 43a1 force field with PME
(pme_order = 4, rtol = 1e-5). <br><br>The examples given in the
gromacs tutorial use rvdw = rlist = rcoulomb = 0.9 (with coulombtype =
cutoff). I also found a couple of relevant journal articles that used
these parameters. A relevant message on the archive (http://osdir.com/ml/science.biology.gromacs.user/2006-06/msg00389.html) suggests the use of these parameters. Also,
"Using PME" on page 78 of the manual 3.3 suggests rvdw = rlist =
rcoulomb = 0.9<br><br>However, the manual suggests rvdw = 1.4 for grmos96
force field. When I did a gmx-users list search, I found some mdp files
from various users that use vdw = rlist = rcoulomb = 0.9/1.0. <br><br>Based on
sections 7.3.9 and 7.3.10, I think rlist = rcoulomb = 0.9, and rvdw =
1.4 would be appropriate. However, I am not completely sure and it
would be great if someone can please recommend a set of values for
these parameters (rlist, rvdw, rcoulomb) for coulombtype = PME. <br><br>Best,<br>Soumik<br><br><div id="RTEContent"><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div dir="ltr" style="margin-right: 0px;" align="left"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><div class="MsoAutoSig" style="margin: 0in 0in 0pt; color: rgb(0, 0, 0);"><a rel="nofollow" name="_MailAutoSig"><span><strong><font face="arial, helvetica, sans-serif"><font size="2"><span style="font-weight: normal;">Soumik Banerjee</span><br></font></font></strong></span></a></div><font color="#8b8b8b" size="2">Max-Planck-Institute<br>for Dynamics of Complex Technical Systems<br>Sandtorstraße 1<br>39106 Magdeburg<br>Germany<br>Email: banerjee@mpi-magdeburg.mpg.de<br>Phone: +49 391 6110 163 <br></font><br><div class="MsoAutoSig" style="margin: 0in 0in 0pt;"><a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.esm.vt.edu/murg"><span><span style="color: purple;"><font face="arial,
 helvetica, sans-serif" size="2"></font></span></span><span></span></a><span></span><span style="color: black;"></span></div></font></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></td></tr></table><br>