<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="Ih2E3d"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
would you please tell me for compare dynamic peptide what time for MD<br>
is enough by gromacs?generally.</blockquote></div></blockquote><div><br>You can take your 20 ns simulation, and divide it into 2-4 parts, each 10 (or 5) ns long.<br>Then, calculate the property you are interested in for each part seperately. If 20 ns is more then enought, then the difference between the parts should be minimal.<br>
Another option is to calculate the variance of the propery you are calculating, vs. time.<br><br>--Omer. <br></div></div></div>