<br>Hi all,<br>Sorry for posting my query again...as I am not finding any way out ...<br>Please suggest...<br><div class="gmail_quote"><br><br>Hi All,<br>I am trying to run simulated annealing for my protein + NDP&nbsp; kept in a water box.<br>
I want to vary the temperature for the NDP only and want to keep the constant temperature for rest of the system.<br>for the same when tried with making two groups, one for NDP and other for rest of the molecule, and with the following params in .mdp<br>

&nbsp;....<br>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = NDP excl_NDP<br>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = berendsen<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = NDP&nbsp;&nbsp; excl_NDP<br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300<br>annealing = single single<br>

annealing_npoints = 5 0<br>annealing_time = 0 5 10 15 20<br>annealing_temp = 300 400 450 500 300<br>...<br>I am getting the following msg while doing grompp<br>_______________________<br>.<br>.<br>.<br>.<br>.<br>Simulated annealing for group NDP: Single, 5 timepoints<br>

Time (ps)&nbsp;&nbsp; Temperature (K)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300.0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 400.0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 450.0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 500.0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.0-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300.0<br>Simulated annealing for group excl_NDP: Single, 0 timepoints<br>Time (ps)&nbsp;&nbsp; Temperature (K)<br>

Segmentation fault<br><br><br>while trying the same with only single group i.e. taking whole system for the simulated annealing <br>with following params in .mdp<br>...<br>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = system<br>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = berendsen<br>

tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1<br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = system<br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300<br>annealing = single<br>annealing_npoints = 5<br>annealing_time = 0 5 10 15 20<br>annealing_temp = 300 400 450 500 300<br>......<br>

This run was running perfect with single group...<br>Please correct me if i am following wrong way for mentioning params., or Is there anything else to be taken care of...<br><br>Looking for suggestion and solutions..<br>

<br>With thanks,<br><font color="#888888">Vivek<br><br><br>
</font></div><br>