To set up rigid system, you need to put (3n-6) constraints (in the form of bond, angle), where n is the atom/bead (in the case of coarse-grain model) number in the molecule.<br><br>YY<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Dec 5, 2008 at 1:03 PM, Xin Liu <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:yjqqliu@163.com">yjqqliu@163.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Dear GMX users,<br>
<br>
<br>
I am carrying out MD simulation of acetylacetone by Gromacs. As we know, there are keto and enol two tautomers for acetylacetone. The tautomers were treated as rigid species in the literature (Y.K. Park, C. H. Turner, J. Supercrit. Fluids 37 (2006) 201–208)). The parameters of the LJ interactions and the electrostatic interactions of keto and enol models for acetylacetone and their equilibrium geometry were given. Dihedral angles are included in the models to specify the keto geometry, while the enol form is calculated to be a planar molecule.<br>

<br>
&nbsp;Model parameters<br>
Molecule &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Site &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; q/e &nbsp; &nbsp;σ (nm) &nbsp;ε/kb (K) &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Geometry<br>
Acetylacetone (Keto)<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CH3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;−0.12 &nbsp; &nbsp;0.396 &nbsp; &nbsp;73.02 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;C-C: 0.151 nm, ∠CCCH2: 116.7◦<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ∠CCO: 123.1◦, ∠CCCH2C: −81.7◦<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C= &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.48 &nbsp; &nbsp;0.375 &nbsp; &nbsp;52.876 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;C-CH2: 0.152 nm, ∠CCH2C: 111.7◦,<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;∠CCH2CC: −162.1◦<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; O= &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;−0.34 &nbsp; &nbsp;0.296 &nbsp; &nbsp;105.75 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;C=O: 0.122 nm<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -CH2- &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0 &nbsp; &nbsp; 0.3905 &nbsp; &nbsp;59.42 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CH2-C: 0.153 nm, ∠CH2CO: 122.0◦<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;∠CH2CC: 115.4◦<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;C= &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.52 &nbsp; &nbsp; 0.375 &nbsp; &nbsp; 52.876 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C=O: 0.122 nm, C-CH3: 0.151 nm<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; O= &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;−0.32 &nbsp; &nbsp;0.296 &nbsp; &nbsp; 105.75<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CH3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; −0.22 &nbsp; &nbsp;0.396 &nbsp; &nbsp; 73.02<br>
<br>
Acetylacetone (E) &nbsp; &nbsp; &nbsp;O &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;−0.366 &nbsp; &nbsp;0.300 &nbsp; &nbsp;85.609 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;O-C: 0.133 nm, ∠OCC(H3): 113.6◦<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; H(-O-) &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.411 &nbsp; &nbsp;0.0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;H-O: 0.099 nm, ∠HOC: 105◦<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C(-OH) &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.303 &nbsp; &nbsp;0.375 &nbsp; &nbsp;52.876 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C-CH3: 0.150 nm, C=CH: 0.137 nm<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CH3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;−0.173 &nbsp; &nbsp;0.391 &nbsp; &nbsp;80.573 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;∠CH3C(-O)C: 124.2◦<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CH &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.197 &nbsp; 0.380 &nbsp; &nbsp; 57.912 &nbsp; &nbsp; &nbsp;∠CC(H)C: 120.5◦, C C( O): 0.145nm,<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ∠C(H)C=O: 121.6◦, ∠CC(=O)CH3: 121.6◦<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C(=O) &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.360 &nbsp; &nbsp; 0.375 &nbsp; &nbsp;52.876 &nbsp; &nbsp; C=O: 0.125 nm, CCH3: 0.151 nm<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CH3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;−0.258 &nbsp; &nbsp; 0.391 &nbsp; &nbsp; 80.573<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; O= &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;−0.474 &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.296 &nbsp; &nbsp; 105.75<br>
<br>
<br>
&nbsp;But I could not know how to set up this rigid system in gromacs. If you could give me some advice or some material, I will appreciate it. Thank you!<br>
<br>
<br>
<br>
Dr. Xin Liu,<br>
<br>
School of Chemistry and Chemical Engineering<br>
<br>
Sun Yat-Sen University<br>
<br>
No.135, Xingang Xi Road,<br>
<br>
Guangzhou, 510275<br>
<br>
P. R. China<br>
<br>
Tel.: +86-20-84115559<br>
<br>
Fax: +86-20-84112245<br>
<br>
E-mail: <a href="mailto:liuxin23@mail.sysu.edu.cn">liuxin23@mail.sysu.edu.cn</a> mailto:<a href="mailto:liuxin23@mail.sysu.edu.cn">liuxin23@mail.sysu.edu.cn</a><br>
<br>
<br>
2008-12-05<br>
<br>_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Regards,<br>Yang Ye<br>