<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV>Dear developers,</DIV>
<DIV>I have got this message on the crash (system with 192 molecules, paralellipiped)</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV><FONT size=1>
<DIV>-------------------------------------------------------</DIV>
<DIV>Program mdrunmpi, VERSION 3.3</DIV>
<DIV>Source code file: nsgrid.c, line: 226</DIV>
<DIV>Range checking error:</DIV>
<DIV>Explanation: During neighborsearching, we assign each particle to a grid</DIV>
<DIV>based on its coordinates. If your system contains collisions or parameter</DIV>
<DIV>errors that give particles very high velocities you might end up with some</DIV>
<DIV>coordinates being +-Infinity or NaN (not-a-number). Obviously, we cannot</DIV>
<DIV>put these on a grid, so this is usually where we detect those errors.</DIV>
<DIV>Make sure your system is properly energy-minimized and that the potential</DIV>
<DIV>energy seems reasonable before trying again.</DIV>
<DIV>Variable ci has value 134. It should have been within [ 0 .. 128 ]</DIV>
<DIV>Please report this to the mailing list (gmx-users@gromacs.org)</DIV>
<DIV>-------------------------------------------------------</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>and mdout.mdp for this run is:</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV><FONT size=1>
<DIV>; RUN CONTROL PARAMETERS</DIV>
<DIV>integrator = md</DIV>
<DIV>; Start time and timestep in ps</DIV>
<DIV>tinit = 0</DIV>
<DIV>dt = 0.003</DIV>
<DIV>nsteps = 20000000</DIV>
<DIV>; For exact run continuation or redoing part of a run</DIV>
<DIV>init_step = 0</DIV>
<DIV>; mode for center of mass motion removal</DIV>
<DIV>comm-mode = Linear</DIV>
<DIV>; number of steps for center of mass motion removal</DIV>
<DIV>nstcomm = 1</DIV>
<DIV>; group(s) for center of mass motion removal</DIV>
<DIV>comm-grps = </DIV>
<DIV>; LANGEVIN DYNAMICS OPTIONS</DIV>
<DIV>; Friction coefficient (amu/ps) and random seed</DIV>
<DIV>bd-fric = 0</DIV>
<DIV>ld-seed = 1993</DIV>
<DIV>; ENERGY MINIMIZATION OPTIONS</DIV>
<DIV>; Force tolerance and initial step-size</DIV>
<DIV>emtol = 10</DIV>
<DIV>emstep = 0.01</DIV>
<DIV>; Max number of iterations in relax_shells</DIV>
<DIV>niter = 20</DIV>
<DIV>; Step size (ps^2) for minimization of flexible constraints</DIV>
<DIV>fcstep = 0</DIV>
<DIV>; Frequency of steepest descents steps when doing CG</DIV>
<DIV>nstcgsteep = 1000</DIV>
<DIV>nbfgscorr = 10</DIV>
<DIV>; OUTPUT CONTROL OPTIONS</DIV>
<DIV>; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)</DIV>
<DIV>nstxout = 1000</DIV>
<DIV>nstvout = 1000</DIV>
<DIV>nstfout = 0</DIV>
<DIV>; Checkpointing helps you continue after crashes</DIV>
<DIV>nstcheckpoint = 1000</DIV>
<DIV>; Output frequency for energies to log file and energy file</DIV>
<DIV>nstlog = 1000</DIV>
<DIV>nstenergy = 1000</DIV>
<DIV>; Output frequency and precision for xtc file</DIV>
<DIV>nstxtcout = 0</DIV>
<DIV>xtc-precision = 1000</DIV>
<DIV>; This selects the subset of atoms for the xtc file. You can</DIV>
<DIV>; select multiple groups. By default all atoms will be written.</DIV>
<DIV>xtc-grps = </DIV>
<DIV>; Selection of energy groups</DIV>
<DIV>energygrps = System</DIV>
<DIV>; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS</DIV>
<DIV>; nblist update frequency</DIV>
<DIV>nstlist = 10</DIV>
<DIV>; ns algorithm (simple or grid)</DIV>
<DIV>ns_type = grid</DIV>
<DIV>; Periodic boundary conditions: xyz (default), no (vacuum)</DIV>
<DIV>; or full (infinite systems only)</DIV>
<DIV>pbc = xyz</DIV>
<DIV>; nblist cut-off </DIV>
<DIV>rlist = 1.0</DIV>
<DIV>domain-decomposition = no</DIV>
<DIV>; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW</DIV>
<DIV>; Method for doing electrostatics</DIV>
<DIV>coulombtype = PME</DIV>
<DIV>rcoulomb-switch = 0</DIV>
<DIV>rcoulomb = 1.0</DIV>
<DIV>; Relative dielectric constant for the medium and the reaction field</DIV>
<DIV>epsilon-r = 1.0</DIV>
<DIV>epsilon_rf = 1</DIV>
<DIV>; Method for doing Van der Waals</DIV>
<DIV>vdw-type = Cut-off</DIV>
<DIV>; cut-off lengths </DIV>
<DIV>rvdw-switch = 0</DIV>
<DIV>rvdw = 1.4</DIV>
<DIV>; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure</DIV>
<DIV>DispCorr = EnerPres</DIV>
<DIV>; Extension of the potential lookup tables beyond the cut-off</DIV>
<DIV>table-extension = 1</DIV>
<DIV>; Seperate tables between energy group pairs</DIV>
<DIV>energygrp_table = </DIV>
<DIV>; Spacing for the PME/PPPM FFT grid</DIV>
<DIV>fourierspacing = 0.12</DIV>
<DIV>; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used</DIV>
<DIV>fourier_nx = 0</DIV>
<DIV>fourier_ny = 0</DIV>
<DIV>fourier_nz = 0</DIV>
<DIV>; EWALD/PME/PPPM parameters</DIV>
<DIV>pme_order = 4</DIV>
<DIV>ewald_rtol = 1e-05</DIV>
<DIV>ewald_geometry = 3d</DIV>
<DIV>epsilon_surface = 0</DIV>
<DIV>optimize_fft = yes</DIV>
<DIV>; GENERALIZED BORN ELECTROSTATICS</DIV>
<DIV>; Algorithm for calculating Born radii</DIV>
<DIV>gb_algorithm = Still</DIV>
<DIV>; Frequency of calculating the Born radii inside rlist</DIV>
<DIV>nstgbradii = 1</DIV>
<DIV>; Cutoff for Born radii calculation; the contribution from atoms</DIV>
<DIV>; between rlist and rgbradii is updated every nstlist steps</DIV>
<DIV>rgbradii = 2</DIV>
<DIV>; Salt concentration in M for Generalized Born models</DIV>
<DIV>gb_saltconc = 0</DIV>
<DIV>; IMPLICIT SOLVENT (for use with Generalized Born electrostatics)</DIV>
<DIV>implicit_solvent = No</DIV>
<DIV>; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS</DIV>
<DIV>; Temperature coupling </DIV>
<DIV>Tcoupl = Berendsen</DIV>
<DIV>; Groups to couple separately</DIV>
<DIV>Tc-grps = System</DIV>
<DIV>; Time constant (ps) and reference temperature (K)</DIV>
<DIV>tau_T = 0.1</DIV>
<DIV>ref_T = 312</DIV>
<DIV>; Pressure coupling </DIV>
<DIV>Pcoupl = Berendsen</DIV>
<DIV>Pcoupltype = Isotropic</DIV>
<DIV>; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)</DIV>
<DIV>tau_P = 5.0</DIV>
<DIV>compressibility = 4.5e-5</DIV>
<DIV>ref_P = 1.0</DIV>
<DIV>; Random seed for Andersen thermostat</DIV>
<DIV>andersen_seed = 815131</DIV>
<DIV>; OPTIONS FOR QMMM calculations</DIV>
<DIV>QMMM = no</DIV>
<DIV>; Groups treated Quantum Mechanically</DIV>
<DIV>QMMM-grps = </DIV>
<DIV>; QM method </DIV>
<DIV>QMmethod = </DIV>
<DIV>; QMMM scheme </DIV>
<DIV>QMMMscheme = normal</DIV>
<DIV>; QM basisset </DIV>
<DIV>QMbasis = </DIV>
<DIV>; QM charge </DIV>
<DIV>QMcharge = </DIV>
<DIV>; QM multiplicity </DIV>
<DIV>QMmult = </DIV>
<DIV>; Surface Hopping </DIV>
<DIV>SH = </DIV>
<DIV>; CAS space options </DIV>
<DIV>CASorbitals = </DIV>
<DIV>CASelectrons = </DIV>
<DIV>SAon = </DIV>
<DIV>SAoff = </DIV>
<DIV>SAsteps = </DIV>
<DIV>; Scale factor for MM charges</DIV>
<DIV>MMChargeScaleFactor = 1</DIV>
<DIV>; Optimization of QM subsystem</DIV>
<DIV>bOPT = </DIV>
<DIV>bTS = </DIV>
<DIV>; SIMULATED ANNEALING </DIV>
<DIV>; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)</DIV>
<DIV>annealing = </DIV>
<DIV>; Number of time points to use for specifying annealing in each group</DIV>
<DIV>annealing_npoints = </DIV>
<DIV>; List of times at the annealing points for each group</DIV>
<DIV>annealing_time = </DIV>
<DIV>; Temp. at each annealing point, for each group.</DIV>
<DIV>annealing_temp = </DIV>
<DIV>; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN</DIV>
<DIV>gen_vel = no</DIV>
<DIV>gen_temp = 299</DIV>
<DIV>gen_seed = 173529</DIV>
<DIV>; OPTIONS FOR BONDS </DIV>
<DIV>constraints = all-bonds</DIV>
<DIV>; Type of constraint algorithm</DIV>
<DIV>constraint-algorithm = lincs</DIV>
<DIV>; Do not constrain the start configuration</DIV>
<DIV>unconstrained-start = no</DIV>
<DIV>; Use successive overrelaxation to reduce the number of shake iterations</DIV>
<DIV>Shake-SOR = no</DIV>
<DIV>; Relative tolerance of shake</DIV>
<DIV>shake_tol = 0.0001</DIV>
<DIV>; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix</DIV>
<DIV>lincs-order = 4</DIV>
<DIV>; Number of iterations in the final step of LINCS. 1 is fine for</DIV>
<DIV>; normal simulations, but use 2 to conserve energy in NVE runs.</DIV>
<DIV>; For energy minimization with constraints it should be 4 to 8.</DIV>
<DIV>lincs-iter = 2</DIV>
<DIV>; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond</DIV>
<DIV>; rotates over more degrees than</DIV>
<DIV>lincs-warnangle = 30</DIV>
<DIV>; Convert harmonic bonds to morse potentials</DIV>
<DIV>morse = no</DIV>
<DIV>; ENERGY GROUP EXCLUSIONS</DIV>
<DIV>; Pairs of energy groups for which all non-bonded interactions are excluded</DIV>
<DIV>energygrp_excl = </DIV>
<DIV>; NMR refinement stuff </DIV>
<DIV>; Distance restraints type: No, Simple or Ensemble</DIV>
<DIV>disre = No</DIV>
<DIV>; Force weighting of pairs in one distance restraint: Conservative or Equal</DIV>
<DIV>disre-weighting = Conservative</DIV>
<DIV>; Use sqrt of the time averaged times the instantaneous violation</DIV>
<DIV>disre-mixed = no</DIV>
<DIV>disre-fc = 1000</DIV>
<DIV>disre-tau = 0</DIV>
<DIV>; Output frequency for pair distances to energy file</DIV>
<DIV>nstdisreout = 100</DIV>
<DIV>; Orientation restraints: No or Yes</DIV>
<DIV>orire = no</DIV>
<DIV>; Orientation restraints force constant and tau for time averaging</DIV>
<DIV>orire-fc = 0</DIV>
<DIV>orire-tau = 0</DIV>
<DIV>orire-fitgrp = </DIV>
<DIV>; Output frequency for trace(SD) and S to energy file</DIV>
<DIV>nstorireout = 100</DIV>
<DIV>; Dihedral angle restraints: No, Simple or Ensemble</DIV>
<DIV>dihre = No</DIV>
<DIV>dihre-fc = 1000</DIV>
<DIV>dihre-tau = 0</DIV>
<DIV>; Output frequency for dihedral values to energy file</DIV>
<DIV>nstdihreout = 100</DIV>
<DIV>; Free energy control stuff</DIV>
<DIV>free-energy = no</DIV>
<DIV>init-lambda = 0</DIV>
<DIV>delta-lambda = 0</DIV>
<DIV>sc-alpha = 0</DIV>
<DIV>sc-power = 1</DIV>
<DIV>sc-sigma = 0.3</DIV>
<DIV>; Non-equilibrium MD stuff</DIV>
<DIV>acc-grps = </DIV>
<DIV>accelerate = </DIV>
<DIV>freezegrps = </DIV>
<DIV>freezedim = </DIV>
<DIV>cos-acceleration = 0</DIV>
<DIV>deform = </DIV>
<DIV>; Electric fields </DIV>
<DIV>; Format is number of terms (int) and for all terms an amplitude (real)</DIV>
<DIV>; and a phase angle (real)</DIV>
<DIV>E-x = </DIV>
<DIV>E-xt = </DIV>
<DIV>E-y = </DIV>
<DIV>E-yt = </DIV>
<DIV>E-z = </DIV>
<DIV>E-zt = </DIV>
<DIV>; User defined thingies</DIV>
<DIV>user1-grps = </DIV>
<DIV>user2-grps = </DIV>
<DIV>userint1 = 0</DIV>
<DIV>userint2 = 0</DIV>
<DIV>userint3 = 0</DIV>
<DIV>userint4 = 0</DIV>
<DIV>userreal1 = 0</DIV>
<DIV>userreal2 = 0</DIV>
<DIV>userreal3 = 0</DIV>
<DIV>userreal4 = 0</DIV></FONT>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>what's happened? why?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thank you</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Egis</DIV></FONT></td></tr></table><br>