Hi,<br>I have just ventured into this wonderful world of molecular dynamics and am learing and using GROMACS to validate some papers as a learning exercise. I have a nanopore system in which a wall has 3 layers and the molecules are tethered by a spring. I am doing COMM removal for each layer with a frequency of step 1 and have applied a berendsen thermostat to it.<br>
Since GROMACS adjusts the COMM by removing the COM momentum(velocity) from the system, and for thermostat, a similar thing is done(KE/velocity adjustment) from each molecule. I wonder should there be any relation between the step size of COMM removal and Tau_t of the thermostat?<br>
Thanks,<br>Manik Mayur<br clear="all"><br>-- <br>_________________<br>HAPAX LEGOMENA<br>