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<body class='hmmessage'>

Hi,<br><br>You can not construct a WCA potential in Gromacs<br>by using LJ with a certain cut-off.<br>The cut-off with vdwtype=cut-off is the LJ neighborlist<br>cut-off, NOT the interaction cut-off.<br>To construct a WCA potential you have to use user tables.<br>There is one inconvience here:<br>if you have multiple sigma_ij's, you need a separate table<br>(energygrp_table) for every sigma_ij.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Thu, 11 Dec 2008 23:10:02 +0530<br>From: manik.mayur@gmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: [gmx-users] COMM and WCA<br><br>Hi,<br>I was wondering if there is any way to:<br>1) COMM removal in a specific dimension just life freezedim. e.g. I want COMM removal in y-direction only.<br>2) Get WCA potential by setting [vdw-type: Shift] and [rvdw=2^(1/6)*sigma]; As in WCA the repulsive part of LJ is retained by setting the cutoff radius as 2^(1/6)*sigma and shifting it by epsilon. If not, can I get some literature/reference on how VdW's is implemented in GROMACS including the role of rvdw-switch.<br>

<br>Thanks,<br>Manik<br clear="all"><br>-- <br>_________________<br>HAPAX LEGOMENA<br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>

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