Dear Sir,<br>i&#39;m one of the new gmx user. i have a problem with gromacs input file.<br>i&#39;ll be thanking if you help me.<br>&nbsp;<br>i&#39;m working on protein system. i have pdb and itp file. in itp file there are hydrogen atoms but in pdb file no. so when i define top file the number of atoms don&#39;t match to each other and i get a fattal error. my forcefield in top file is &#39;&#39;ffgmx forcefield&#39;&#39;. i&#39;ll be appriciate if you help me.<br>
&nbsp;<br>Regards,<br>Farhadian.