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<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>You can do something like:<br>&nbsp;mpirun -np 4 xterm -e gdb ~/check_gmx/obj/g_x86_64/src/kernel/mdrun<br><br>with the appropriate settings for your system.<br><br>You will have to type run in every xterm to make mdrun run.<br>Or you can make some scripts<br>(gdb -x gdb_cmds will read the gdb commands from the file gdb_cmds).<br><br>When you think it hangs, type ctrl-c in an xterm<br>and type where to see where it hangs.<br>I would guess this would be in an MPI call.<br><br>Berk<br><br><br>&gt; Date: Mon, 15 Dec 2008 23:53:45 +0100<br>&gt; From: patrick.fuchs@univ-paris-diderot.fr<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: Subject: Re: Re: [gmx-users] Gromacs 4 bug?<br>&gt; <br>&gt; Hi Berk,<br>&gt; I used gcc version 4.3.0 20080428 (Red Hat 4.3.0-8) (GCC).<br>&gt; I recompiled it with CFLAGS=-g and it still hangs...<br>&gt; Now, how can we run it in the debugger ?<br>&gt; Thanks,<br>&gt; <br>&gt; Patrick<br>&gt; <br>&gt; Berk Hess a écrit :<br>&gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; What compiler (and compiler version) are you using?<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Could you configure with CFLAGS=-g<br>&gt; &gt; and see if it still hangs?<br>&gt; &gt; If it also hangs in that case, we can run it in the debugger<br>&gt; &gt; and find out where it hangs.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Berk<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;  &gt; Date: Mon, 15 Dec 2008 16:32:31 +0100<br>&gt; &gt;  &gt; From: patrick.fuchs@univ-paris-diderot.fr<br>&gt; &gt;  &gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;  &gt; Subject: Re: Subject: Re: Re: [gmx-users] Gromacs 4 bug?<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; Hi,<br>&gt; &gt;  &gt; I have exactly the same problem under Fedora 9 on a dual-quadricore<br>&gt; &gt;  &gt; (Intel Xeon E5430, 2.66 GHz) computer. Gromacs-4.0.2 is hanging (same<br>&gt; &gt;  &gt; for gromacs-4.0.0) after a couple of minutes of simulation. Sometimes,<br>&gt; &gt;  &gt; it even hangs very quickly before the simulation reaches the writing of<br>&gt; &gt;  &gt; the first checkpoint file (in fact the time length before the hang<br>&gt; &gt;  &gt; occurs is chaotic, sometimes a couple of minutes, or a few seconds). The<br>&gt; &gt;  &gt; CPUs are still loaded but nothing goes to the output (on any file log,<br>&gt; &gt;  &gt; xtc, trr, edr...). All gromacs binaries were standardly compiled with<br>&gt; &gt;  &gt; --enable-mpi and the latest lam-7.1.4. As Bernhard and Antoine I don't<br>&gt; &gt;  &gt; see anything strange in the log file.<br>&gt; &gt;  &gt; I have another computer single quadricore (Intel Xeon E5430, 2.66 GHz)<br>&gt; &gt;  &gt; under Fedora 8 and the same system (same mdp, topology etc...) is<br>&gt; &gt;  &gt; running fine with gromacs-4.0.2 (compiled with lam-7.1.4 as well). So<br>&gt; &gt;  &gt; would it be possible that there's something wrong going on with FC9 and<br>&gt; &gt;  &gt; lam-7.1.4...?<br>&gt; &gt;  &gt; Cheers,<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; Patrick<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; Berk Hess a écrit :<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; If your simulations no longer produce output, but still run<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; and there is no error or warning message,<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; my guess would be that they are waiting for MPI communication.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; But the developers any many users are using 4.0 and I have<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; not heard from problems like this, so I wonder if the problem<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; could be somewhere else.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Could you (or have your tried to) continue your simulation<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; from the last checkpoint (mdrun option -cpi) before the hang,<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; to see if it crashes quickly then?<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Berk<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; Date: Fri, 12 Dec 2008 13:42:43 +0100<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; From: bernhard.knapp@meduniwien.ac.at<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; Subject: Subject: Re: Re: [gmx-users] Gromacs 4 bug?<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; Mark wrote:<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; &gt; What's happening in the log files? What's the latest <br>&gt; &gt; information in<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; the<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; &gt; checkpoint files? Could there be some issue with file system<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; availability?<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; Hi Mark<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; Unfortunaltey I already deleted the simulation files which got stuck<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; after 847ps. But here is the output of another simulation done on the<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; same system but with an other pdb file. This one gets stuck after <br>&gt; &gt; 179ps<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; with the following output:<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; The latest thing the checkpoint file says is:<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; "imb F 3% step 89700, will finish Wed Jul 1 09:11:00 2009<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; imb F 3% step 89800, will finish Wed Jul 1 09:02:51 2009"<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; The predcition for 1st of July is not surprising since I am always<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; parameterizing the simulation with 200ns to avoid to restart it if<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; something interesting happens in the last frames.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; for the .log file it is:<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; "Writing checkpoint, step 88000 at Thu Dec 11 16:34:31 2008<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; Energies (kJ/mol)<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; G96Angle Proper Dih. Improper Dih. LJ-14 Coulomb-14<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; 7.83753e+03 3.64068e+03 2.45951e+03 1.29167e+03 5.13688e+04<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; LJ (SR) Coulomb (SR) Coul. recip. Potential Kinetic En.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; 3.82346e+05 -2.48883e+06 -3.51313e+05 -2.39119e+06 4.57648e+05<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; Total Energy Temperature Pressure (bar) Cons. rmsd ()<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; -1.93355e+06 3.10014e+02 1.09267e-01 2.14030e-05<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; DD step 88999 load imb.: force 3.1%<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; Step Time Lambda<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; 89000 178.00002 0.00000<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; Energies (kJ/mol)<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; G96Angle Proper Dih. Improper Dih. LJ-14 Coulomb-14<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; 8.03089e+03 3.59681e+03 2.42628e+03 1.20942e+03 5.12341e+04<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; LJ (SR) Coulomb (SR) Coul. recip. Potential Kinetic En.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; 3.81539e+05 -2.48602e+06 -3.51307e+05 -2.38929e+06 4.56901e+05<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; Total Energy Temperature Pressure (bar) Cons. rmsd ()<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; -1.93239e+06 3.09508e+02 1.64627e+01 2.08518e-05"<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; the disk is also free df -h says 2.3G out of 666G used.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; The only difference between the system with gromacs 3.3 and <br>&gt; &gt; gromacs 4 is<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; that gromacs 4 is running under suse 11 while gromacs 3.3 is <br>&gt; &gt; running on<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; a node with suse 10. But I dont think this can be the problem?<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; cheers<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; Bernhard<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; posting!<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; <br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Express yourself instantly with MSN Messenger! MSN Messenger<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &lt;http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/&gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; <br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before <br>&gt; &gt; posting!<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; --<br>&gt; &gt;  &gt; _________________________________________________________________<br>&gt; &gt;  &gt; !!!! new E-mail address: patrick.fuchs@univ-paris-diderot.fr !!!!<br>&gt; &gt;  &gt; !!!! new postal address !!!<br>&gt; &gt;  &gt; Patrick FUCHS<br>&gt; &gt;  &gt; Equipe de Bioinformatique Genomique et Moleculaire<br>&gt; &gt;  &gt; INTS, INSERM UMR-S726, Université Paris Diderot,<br>&gt; &gt;  &gt; 6 rue Alexandre Cabanel, 75015 Paris<br>&gt; &gt;  &gt; Tel : +33 (0)1-44-49-30-57 - Fax : +33 (0)1-47-34-74-31<br>&gt; &gt;  &gt; Web Site: http://www.dsimb.inserm.fr/~fuchs<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt;  &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;  &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt;  &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before <br>&gt; &gt; posting!<br>&gt; &gt;  &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt;  &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt;  &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; Express yourself instantly with MSN Messenger! MSN Messenger <br>&gt; &gt; &lt;http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/&gt;<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; _________________________________________________________________<br>&gt; !!!! new E-mail address: patrick.fuchs@univ-paris-diderot.fr !!!!<br>&gt; !!!! new postal address !!!<br>&gt; Patrick FUCHS<br>&gt; Equipe de Bioinformatique Genomique et Moleculaire<br>&gt; INTS, INSERM UMR-S726, Université Paris Diderot,<br>&gt; 6 rue Alexandre Cabanel, 75015 Paris<br>&gt; Tel : +33 (0)1-44-49-30-57 - Fax : +33 (0)1-47-34-74-31<br>&gt; Web Site: http://www.dsimb.inserm.fr/~fuchs<br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
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