<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hello,<BR>
I don´t understand the correction I should do from itp. <BR>
I have removed from the urea original urea.itp these lines,<BR>
&nbsp;<BR>
#ifdef Boek<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; UREA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.38<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; UREA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; -0.38<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; UREA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; -0.83<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; UREA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 0.415<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; UREA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 0.415<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; UREA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; -0.83<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; UREA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 0.415<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; UREA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 0.415<BR>#else<BR>&nbsp;#endif[ moleculetype ]<BR>
&nbsp;<BR>
so now, my urea.itp file is:<BR>
<BR>; name nrexcl<BR>Urea 3<BR>
[ atoms ]<BR>; nr type resnr residu atom cgnr charge<BR>1 C 1 UREA C1 1 0.683<BR>2 O 1 UREA O2 1 -0.683<BR>3 NT 1 UREA N3 2 -0.622<BR>4 H 1 UREA H4 2 0.346<BR>5 H 1 UREA H5 2 0.276<BR>6 NT 1 UREA N6 3 -0.622<BR>7 H 1 UREA H7 3 0.346<BR>8 H 1 UREA H8 3 0.276<BR>
[ bonds ]<BR>; ai aj funct b0 kb<BR>3 4 1 1.000000e-01 3.744680e+05<BR>3 5 1 1.000000e-01 3.744680e+05<BR>6 7 1 1.000000e-01 3.744680e+05<BR>6 8 1 1.000000e-01 3.744680e+05<BR>1 2 1 1.230000e-01 5.020800e+05<BR>1 3 1 1.330000e-01 3.765600e+05<BR>1 6 1 1.330000e-01 3.765600e+05<BR>
[ pairs ]<BR>; ai aj funct c6 c12<BR>2 4 1 0.000000e+00 0.000000e+00<BR>2 5 1 0.000000e+00 0.000000e+00<BR>2 7 1 0.000000e+00 0.000000e+00<BR>2 8 1 0.000000e+00 0.000000e+00<BR>3 7 1 0.000000e+00 0.000000e+00<BR>3 8 1 0.000000e+00 0.000000e+00<BR>4 6 1 0.000000e+00 0.000000e+00<BR>5 6 1 0.000000e+00 0.000000e+00<BR>
[ angles ]<BR>; ai aj ak funct th0 cth<BR>1 3 4 1 1.200000e+02 2.928800e+02<BR>1 3 5 1 1.200000e+02 2.928800e+022 1 6 1 1.215000e+02 5.020800e+02<BR>3 1 6 1 1.170000e+02 5.020800e+02<BR>
[ dihedrals ]<BR>; ai aj ak al funct phi cp mult<BR>
2 1 3 4 1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00<BR>6 1 3 4 1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00<BR>2 1 3 5 1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00<BR>6 1 3 5 1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00<BR>2 1 6 7 1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00<BR>3 1 6 7 1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00<BR>2 1 6 8 1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00<BR>3 1 6 8 1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00<BR>
[ dihedrals ]<BR>; ai aj ak al funct q0 cq<BR>3 4 5 1 2 0.000000e+00 1.673600e+02<BR>6 7 8 1 2 0.000000e+00 1.673600e+02<BR>1 3 6 2 2 0.000000e+00 1.673600e+02<BR><BR>4 3 5 1 1.200000e+02 3.347200e+02<BR>1 6 7 1 1.200000e+02 2.928800e+02<BR>1 6 8 1 1.200000e+02 2.928800e+02<BR>7 6 8 1 1.200000e+02 3.347200e+02<BR>2 1 3 1 1.215000e+02 5.020800e+02<BR><BR>
&nbsp;<BR>
Following Chapter 5 in the manual (page 102), the file described for urea.itp is the same as mine. For the topology (page 103) <FONT face=NimbusMonL-Regu size=3><FONT face=NimbusMonL-Regu size=3><BR>
#include "ffgmx.itp" <FONT size=2>is used, but I don´t see any more different. </FONT><BR>
<FONT size=2>With this modification in the urea.itp I get the same error. Any idea of what could be the problem?</FONT><BR>
<FONT size=2>Thank you very much for your help,</FONT><BR>
<FONT size=2></FONT>&nbsp;<BR>
<FONT size=2>&nbsp;Rebeca Garcia&nbsp;<BR> Parc Cientific de Barcelona<BR>&nbsp;<A href="mailto:regafan@hotmail.com">regafan@hotmail.com</A><BR></FONT><BR>
</FONT></FONT><BR>&nbsp;<BR><FONT face=NimbusMonL-Regu size=3><FONT face=NimbusMonL-Regu size=3>
<P align=left></FONT></FONT><BR>&gt; Date: Thu, 18 Dec 2008 09:21:41 -0500<BR>&gt; From: jalemkul@vt.edu<BR>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; Subject: Re: [gmx-users] Urea topology problem<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; Rebeca García Fandiño wrote:<BR>&gt; <BR>&gt; &lt;snip&gt;<BR>&gt; <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; ERROR 1 [file solvated.top, line 39]:<BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; atom C1 (Res UREA-1) has mass 0<BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; <BR>&gt; In urea.itp, no masses are defined. If you correct the format of this file (see <BR>&gt; Chapter 5 of the manual), then this issue should be resolved.<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; Which force field does this urea.itp correspond to? Where should it look <BR>&gt; &gt; for the atomtypes of urea?<BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt;<BR>&gt; <BR>&gt; The .atp file corresponding to the force field you are using (ffG43a2). The <BR>&gt; atomtypes for urea appear to be generic for use with the Gromos96 force fields. <BR>&gt; There are specific atomtypes within ffG53a6 for urea, if you want to use the <BR>&gt; newer force field (check the ffG53a6.rtp file for the urea parameters).<BR>&gt; <BR>&gt; -Justin<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; Thank you very much for your help,<BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; Rebeca Garcia<BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; Parc Cientific de Barcelona<BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; regafan@hotmail.com<BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<BR>&gt; &gt; ¿Aún no tienes Internet Explorer 7? Bájatelo y consigue un regalo gratis <BR>&gt; &gt; &lt;http://vivelive.com/ieak7/&gt;<BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<BR>&gt; &gt; <BR>&gt; &gt; _______________________________________________<BR>&gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>&gt; <BR>&gt; -- <BR>&gt; ========================================<BR>&gt; <BR>&gt; Justin A. Lemkul<BR>&gt; Graduate Research Assistant<BR>&gt; Department of Biochemistry<BR>&gt; Virginia Tech<BR>&gt; Blacksburg, VA<BR>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<BR>&gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<BR>&gt; <BR>&gt; ========================================<BR>&gt; _______________________________________________<BR>&gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR></P><br /><hr />Descárgate gratis el nuevo  <a href='http://download.live.com/' target='_new'>Windows Live Messenger</a></body>
</html>