U just have to modify the .top file, Just add the line &quot;Na+&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&quot; at the bottom of the file where u can find &quot;SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;some number&gt;&quot;and also u have to substract 2 from the SOL number. Thats it.<br>
Regarding MPI, if u r using MULTIPLE MACHINES....then MPI is useful.... otherwise , if u r using single machine with multiple processors,run the command &quot;mdrun -np &lt;no.of processors&gt; -s topol -v&nbsp; -N &lt;no.of processors&gt;&quot;<br>
That&#39;s it.Regarding the installation of MPI, first u should install the all library files that are mentioned in the Gromacs web site, &quot;lam-7.0.6-5.x86_64.rpm,libaio-0.3.103-3.x86_64.rpm,libaio-devel-0.3.103-3.x86_64.rpm and fftw &quot;.<br>
<br><div class="gmail_quote">On Thu, Dec 18, 2008 at 1:03 AM, Chitrita Dutta Roy <span dir="ltr">&lt;<a href="http://chitrita.md">chitrita.md</a>@<a href="http://gmail.com">gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Can anyone give me a detailed notes on how to install gromacs 4 with mpi feature..I am using Intel Q9300 and fedora 10.It&#39;s very urgent as i am new to using gromacs plz give me as detailed note as possible..<br><br>And after adding some ions using genion when i try to run grompp again before final mdrun i get some error telling mismatches in .top and .gro file in some atoms although i have changed the top files as normally we should adding the ions and changing the total number of solvents accordingly..Why is it happening Can anybody help..plzz??<br>

<br>Thanks.<br>
<br>_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Venkat Reddy Chirasani<br>
M.Tech Bioinformatics<br>UNIVERSITY OF HYDERABAD<br>