Thanks to all for helping me previously.<br>Now i am unable to arrange the .tpr file for position restraint mdrun on a quad core as in version 4.0.2 grompp -np is not a valid comand can anybody help me in building a tpr file for parallel run on 4 cores of a quad core machine .I have installed gromacs using Open MPI Library and my files are suffixed as _mpi.<br>