But one thing as i did make links so definitely there are links of those executables in /usr/local/bin.How can i easily remove them..??<br><br><div class="gmail_quote">On Sun, Dec 21, 2008 at 10:15 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="Ih2E3d"><br>
<br>
Chitrita Dutta Roy wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
tar -zxvf openmpi-1.2.8.tar.bz2<br>
cd openmpi-1.2.8<br>
./configure<br>
make<br>
make install<br>
<br>
i had my fftw library installed.<br>
<br>
untarred gromacs went to its directory..<br>
./configure --enable-mpi --program_suffix=&quot;_mpi&quot;<br>
make<br>
make install<br>
<br>
grompp -f pr2.mdp -c em.gro -r em.gro -p scr8.top -n em.ndx -o pr.tpr<br>
mpirun -np 4 /usr/local/gromacs/bin/mdrun -v -s pr.tpr -deffnm pr<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Well, that can&#39;t be right; all of your programs should have the _mpi suffix, if you followed the steps above.<br>
<br>
What you&#39;ve done isn&#39;t entirely necessary, although I don&#39;t know if it will have any adverse effects. &nbsp;Follow the exact instructions posted here, they are given line-by-line and are perfectly clear:<br>
<br>
<a href="http://www.gromacs.org/content/view/20/34/" target="_blank">http://www.gromacs.org/content/view/20/34/</a><div class="Ih2E3d"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
i tried like these besides i also tried with mdrun_mpi but the same occured rather showed more time requirement to complete.And i would also liked to know one thing if i want to do a fresh install removing the earlier one.How would i remove the earlier one.As i tried doing it from yum remove and rpm -e but all went in vain although they can show that these things are installed.<br>

<br>
</blockquote>
<br></div>
Just remove the Gromacs directory and try again, as long as any previous attempts haven&#39;t installed in other locations (i.e., /usr/local/bin, etc.)<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="Ih2E3d">
Thanks again for your help.Plz instruct me to get one complete set of steps to succefully install the Gromacs with mpi and to utilize the power of four cores.<br>
<br>
<br></div><div class="Ih2E3d">
On Sun, Dec 21, 2008 at 9:52 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Chitrita Dutta Roy wrote:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;I tried that way it basically creates 4 jobs and takes hold of 4<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;cpus but the problem is that it shows to take more time than it<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;would normally without mpirun..and not only that a weird thing<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;starts happening.Once being progressed to some steps it retreats<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;back again to an older one and sometimes it just loops around in<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;that fashion calculating practically the same set of steps over<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;and over again.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;I somehow feel that the tpr file which is needed for the mdrun<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;was not built properly to run on 4 separate cores<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;simultaneously.ANd that is why maybe actually the 4 cores are<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;running the same copy of the program and so the same steps.And<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;what i see is kinda race condition.I guess i compiled it<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;properly with mpi so..now i am helpless.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Thanks for your help.Waiting for some more.<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Please post the following information:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;1. The exact series of commands you gave when installing Gromacs.<br>
 &nbsp; &nbsp;2. The exact commands you are issuing to create your job (grompp and<br>
 &nbsp; &nbsp;mdrun).<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;-Justin<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;On Sun, Dec 21, 2008 at 7:56 PM, Manik Mayur<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="mailto:manik.mayur@gmail.com" target="_blank">manik.mayur@gmail.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:manik.mayur@gmail.com" target="_blank">manik.mayur@gmail.com</a>&gt;<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:manik.mayur@gmail.com" target="_blank">manik.mayur@gmail.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:manik.mayur@gmail.com" target="_blank">manik.mayur@gmail.com</a>&gt;&gt;&gt;<div class="Ih2E3d">
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;wrote:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; On Sun, Dec 21, 2008 at 5:04 PM, Chitrita Dutta Roy<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://chitrita.md" target="_blank">chitrita.md</a> &lt;<a href="http://chitrita.md" target="_blank">http://chitrita.md</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;<a href="http://chitrita.md" target="_blank">http://chitrita.md</a>&gt;@<a href="http://gmail.com" target="_blank">gmail.com</a> &lt;<a href="http://gmail.com" target="_blank">http://gmail.com</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://gmail.com" target="_blank">http://gmail.com</a>&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Thanks to all for helping me previously.<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Now i am unable to arrange the .tpr file for position<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;restraint<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; mdrun on a quad core as in version 4.0.2 grompp -np is not a<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; valid comand can anybody help me in building a tpr file for<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; parallel run on 4 cores of a quad core machine .I have<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;installed<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; gromacs using Open MPI Library and my files are suffixed<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;as _mpi.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; try running: mpirun -np 4 mdrun_mpi options<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; _______________________________________________<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<div class="Ih2E3d">
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; before posting!<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Can&#39;t post? Read<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -- &nbsp; &nbsp;_________________<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; HAPAX LEGOMENA<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; _______________________________________________<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<div class="Ih2E3d">
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; posting!<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div><div class="Ih2E3d">
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;_______________________________________________<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div><div class="Ih2E3d">
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;before posting!<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br></div><div class="Ih2E3d">
 &nbsp; &nbsp;--  &nbsp; &nbsp;========================================<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Justin A. Lemkul<br>
 &nbsp; &nbsp;Graduate Research Assistant<br>
 &nbsp; &nbsp;Department of Biochemistry<br>
 &nbsp; &nbsp;Virginia Tech<br>
 &nbsp; &nbsp;Blacksburg, VA<br></div>
 &nbsp; &nbsp;jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<div class="Ih2E3d"><br>
 &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;========================================<br>
 &nbsp; &nbsp;_______________________________________________<br>
 &nbsp; &nbsp;gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div><div class="Ih2E3d">
 &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp;Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
 &nbsp; &nbsp;posting!<br>
 &nbsp; &nbsp;Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
 &nbsp; &nbsp;interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
 &nbsp; &nbsp;Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
</div></blockquote>
<br>
-- <br><div><div></div><div class="Wj3C7c">
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>