<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><br>
<blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><div id="yiv579972724"><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit; font-size-adjust: inherit; font-stretch: inherit;" valign="top">Respected Sir,<br>
As u suggested I did the same, but I was unable to calculate it. I used
make_ndx in which I selected protein and then I used with grompp with
-n option but the energy it is showing is of the whole system not of
the protein only.<br>
To mke it clear suppose if I have a protein A and solvent system B. I
want to simulate the system A + B but I want the energy of A separately
with the co-ordinates of A as in A + B and then energy of B with its
original co-ordinates in A + B as I want to compare the different
conformational states of a protein because editconf or genbox adds
unequal number of water molecules. OR I have a method to add same
number of water molecules to every state as water molecules which are
not interacting also contribute towards energy parameter.<br>
THANKS SIR<br>
Radhika<br>
<br>
</td></tr></tbody></table><br>
      <hr size="1"> Add more friends to your messenger and enjoy! <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_messenger_6/*http://messenger.yahoo.com/invite/"> Invite them now.</a></div></blockquote></td></tr></table><br>
      <!--6--><hr size=1></hr> Add more friends to your messenger and enjoy! <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_messenger_6/*http://messenger.yahoo.com/invite/"> Invite them now.</a>