<br>Am a new user to gromacs and am making a comparitive study of different
bilayer simulation.For the other two bilayers i took pre-equilibriated&nbsp;
system and ran the simulation.Now for one of the bilayer am trying to
make it of my own.<br>
<br>I tried to remove water,by first adding water to entire system and
then removed water from sides using a tcl script.But since this system
is huge,am getting error with this procedure.<br><br>My query is,<b>how will you add water to the bilayer so that water should not be in the middle &amp; sides of the bilayer.</b>Is
there something that can be specified in the genbox command so that i
can add water to that layer alone and build layer by layer.Am damn
confused.Please provid a solution for this<br>
<br>