<div>Hello, everybody,</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>I recently installed FFTW-3.0.1, mpich-1.2.7 and Gromacs 3.3.3 on my workstation with two 8-cords&nbsp;CPUs.&nbsp;&nbsp;I think i installed&nbsp;them correctly, beause it runs normally with other parellel MD software.&nbsp;It also&nbsp;went nomorally when i&nbsp;&nbsp;run&nbsp;mdrun command in gromacs with 4&nbsp;nodes. The problem is it doesn&#39;t run with when it is up to&nbsp;8 nodes. In fact, i only change the &#39;-np 4&#39; to &#39;-np 8&#39; in both grompp and mdrun commmand.&nbsp;When i typed the&nbsp;&#39;top&#39; command, it&nbsp;shows there are only two node are running.&nbsp;And after&nbsp;a little while,&nbsp;it stopped run with the follow error:</div>

<div>p7_19858:&nbsp; p4_error: Timeout in establishing connection to remote process: 0<br>p5_19808:&nbsp; p4_error: Timeout in establishing connection to remote process: 0<br>p6_19832:&nbsp; p4_error: Timeout in establishing connection to remote process: 0<br>
p0_19710: (324.359375) net_recv failed for fd = 9<br>p0_19710:&nbsp; p4_error: net_recv read, errno = : 104</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>In addition, it runs very well, when i use &#39;-np 5&#39;</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Hope for your help. Thanks</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Huifang</div>
<div>&nbsp;<br clear="all"><br>-- <br>Huifang Liu (Ph.D. Student)<br>School of Pharmacy<br>Fudan University<br><br>138 Yi Xue Yuan Rd. &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Tel: (86-21)54237419 (O)<br>Shanghai, China, 200032 &nbsp; &nbsp; Cell phone: +86-13764669357<br>
E-mail: <a href="mailto:huifangliu1985@gmail.com">huifangliu1985@gmail.com</a> Fax: (86-21)54237264<br></div>