<div>Hi!</div>
<div>I&nbsp;have been performing MD simulations of a protein which has 3 ca2+ ions. I find that after 3ns of simulations the ca2+ ions start to drift away. So what would be a good strategy to have the ca2+ in place during the simulations. I would&nbsp; prefer not to use position restraining as this would pin the ca2+ in space hindering the spacial movement of that particular area!! but I am wondering if distance restraining of the ca2+ to the adjacent residues would be&nbsp;fine? or&nbsp;is there&nbsp;any other/better strategy?&nbsp;Awaiting your suggestions.</div>

<div>Thanks</div>
<div>Jayant James<br clear="all"><br>-- <br>Jayasundar Jayant James<br><br><a href="http://www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp">www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp</a>) <br><br></div>