<div class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">Hi,</font></font></div>
<div class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font face="Times New Roman" size="3">Thanks for your suggestions. Please take a look at the mdp file that I am using.&nbsp;Please suggest any changes that you feel would be adequate if&nbsp;the electrostatic treatment is poor.</font></div>

<div class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font face="Times New Roman" size="3">Thanks</font></div>
<div class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font face="Times New Roman" size="3">Jayant James</font></div>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">;<span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>User spoel (236)</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">;<span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>Wed Nov<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>3 17:12:44 1993</font></font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">;<span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>Input file</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">;</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">title<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>Yo</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">cpp<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= <span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</span>/usr/bin/cpp</font></font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">define<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= -DDISRES -DPOSRES</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">constraints<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>none<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span></font></font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">integrator<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>md</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">dt<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>0.001<span style="mso-tab-count: 1">&nbsp; </span>; ps !</font></font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">nsteps<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>1000000<span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>; total 0.5ns.</font></font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">nstcomm<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>1</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">nstxout<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>5000</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">nstvout<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>5000</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">nstfout<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>5000</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">nstlog<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>5000</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">nstenergy<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>5000</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">nstlist<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>10<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span></font></font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">ns_type<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>grid</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">rlist<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>1.0</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">rcoulomb<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>1.0</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">rvdw<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>1.0</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">disre<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>simple</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">disre_weighting<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>conservative</font></font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">; Berendsen temperature coupling is on in two groups</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">Tcoupl<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>berendsen</font></font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">tc-grps<span style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>Protein<span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>Non-Protein<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </span></font></font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">tau_t<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>0.1<span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>0.1<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </span></font></font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">ref_t<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>300<span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>300<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span></font></font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">; Energy monitoring</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">energygrps<span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>Protein<span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </span>Non-Protein<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span></font></font></p>

<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">; Pressure coupling is not on</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">Pcoupl<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>no</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">tau_p<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>0.5</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">compressibility<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>4.5e-5</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">ref_p<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>1.0</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">; Generate velocites is on at 300 K.</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">gen_vel<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>yes</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="3"><font face="Times New Roman">gen_temp<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>300.0</font></font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font face="Times New Roman" size="3">gen_seed<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>=<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </span>173529</font></p><br><br>
<div class="gmail_quote">On Tue, Jan 6, 2009 at 2:43 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div class="Ih2E3d">jayant james wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Hi!<br>I have been performing MD simulations of a protein which has 3 ca2+ ions. I find that after 3ns of simulations the ca2+ ions start to drift away. So what would be a good strategy to have the ca2+ in place during the simulations. I would &nbsp;prefer not to use position restraining as this would pin the ca2+ in space hindering the spacial movement of that particular area!! but I am wondering if distance restraining of the ca2+ to the adjacent residues would be fine? or is there any other/better strategy? Awaiting your suggestions.<br>
</blockquote><br></div>This is one of the purposes of distance restraints. Better would be a proper model for protein-bound calcium ions. Also, a poor-quality electrostatic treatment could be the source of the problem (e.g. a cut-off shorter than the distances to nearby negative (partial) charges).<br>
<br>Mark<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Jayasundar Jayant James<br>
<br><a href="http://www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp">www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp</a>) <br><br>