<div>Hi!</div>
<div>Thanks for your suggestions. In my protein there are two phosphorylated serines (-vely charged)&nbsp;adjacent to each other on chain A&nbsp;and these serines&nbsp;start to move towards the Ca2+ ion&nbsp;in chain B.&nbsp;It is only after a while of them being close to each other that the Ca2+ starts popping off. Also&nbsp;to modify the charges of the residues adjoining the Ca2+ ion,&nbsp;what file should I be looking for to make these changes? would it be the topology file?&nbsp;</div>

<div>As per your suggestions I would be going with the PME so should the mdp file modified to incorporate the parameters below be sufficient?!!</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp; grid<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 1.0<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 1.0<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp; 1.4</div>
<div>vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; cut-off</div>
<div>fourierspacing = 0.12</div>
<div>fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0</div>
<div>fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;0</div>
<div>fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;0</div>
<div>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 4</div>
<div>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1e-5</div>
<div>optimize_fft&nbsp;&nbsp; = yes</div>
<div>disre&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp; simple<br>disre_weighting&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; equal</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Thanks</div>
<div>Jayant James</div>