<div>Hi!</div>
<div>Thanks for the reply. So would Gromos96 53a6 be available in the latest version of GROMACS? I am currently using Gromacs version 3.3.3.</div>
<div>Thanks</div>
<div>JJ<br><br></div>
<div class="gmail_quote">On Wed, Jan 7, 2009 at 4:28 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid"><br><br>jayant james wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Hi! 
<div class="Ih2E3d"><br>Thanks for the reply.<br>I am using the option 0 of pdb2gmx which corresponds to GROMOS96 43a1 force field. But earlier today I was linked to a thesis which used GROMACS force field so I am still wondering if it would be right for me to go to the *.top file and change the charges to amino acids for simulations in GROMOS96 force field found in GROMACS package.<br>
</div></blockquote><br>I tend to opt for the most recent revision of a modern force field, something like Gromos96 53a6, unless there is a specific basis for a choice like 43a1 (i.e., consistency with previous work, parameters that have been specifically developed for use with that parameter set, etc.) &nbsp;Otherwise, blindly choosing a force field with no basis for the choice is not a good idea.<br>
<br>If you are considering making ad hoc changes to your .top to force a certain behavior, I think you are asking for trouble, especially if it comes to peer review. &nbsp;Force fields aren&#39;t designed to be tinkered with according to the whim of a user. &nbsp;If you are willing to expend a great deal of effort in developing new parameters to accurately replicate real-life behavior, then by all means do so. &nbsp;Otherwise, I would be very suspicious of results that come from untested modifications.<br>
<br>-Justin<br><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Thanks<br>JJ 
<div class="Ih2E3d"><br><br>On Wed, Jan 7, 2009 at 3:07 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>
<br><br><br>&nbsp; &nbsp;jayant james wrote:<br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Hi!<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;In the protein of my interest I find that oxygen atoms of Thr,<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Tyr and Ser are close to the bound Ca2+. So is there any<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;information on charge modifications that need to be made for the<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;specified amino acids in the gromacs force field, such that the<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Ca2+ would stay and not stray!<br><br><br>&nbsp; &nbsp;I should hope you&#39;re not using the &quot;Gromacs force field&quot; (ffgmx), it<br>&nbsp; &nbsp;has long been deprecated. &nbsp;You are better off with a more modern<br>
&nbsp; &nbsp;Gromos96 parameter set.<br><br>&nbsp; &nbsp;I think the best procedure would first to refer to the citation you<br>&nbsp; &nbsp;were provided earlier today, then proceed with a further literature<br>&nbsp; &nbsp;search. &nbsp;Has anyone simulated a similar protein with any success?<br>
&nbsp; &nbsp; You may be in for some parameterization if you find the existing<br>&nbsp; &nbsp;parameters inadequate. &nbsp;Beware, such work is very difficult.<br><br>&nbsp; &nbsp;-Justin<br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Thanks<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Jayant James<br><br><br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; On Wed, Jan 7, 2009 at 10:36 AM, Justin A. Lemkul<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br></div>
<div>
<div></div>
<div class="Wj3C7c">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt;&gt; wrote:<br><br><br><br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; jayant james wrote:<br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Hi!<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Thanks for your suggestions. In my protein there are two<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; phosphorylated serines (-vely charged) adjacent to each<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;other on<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; chain A and these serines start to move towards the Ca2+<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;ion in<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; chain B. It is only after a while of them being close to each<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; other that the Ca2+ starts popping off. Also to modify the<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; charges of the residues adjoining the Ca2+ ion, what file<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;should<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I be looking for to make these changes? would it be the<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;topology<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; file?<br><br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Well, that behavior may not be entirely unexpected. &nbsp;Two adjacent<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; phosphates would likely repel each other, making it difficult to<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; bind ions at that location. &nbsp;Is there some basis to suggest that<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Ca2+ should even bind there?<br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Yes, charges are in your topology. &nbsp;If you generated your<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;.top with<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb2gmx, then obviously there are entries in the appropriate .rtp<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; file that can be modified to generate future topologies with the<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; same charges.<br><br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; As per your suggestions I would be going with the PME so<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;should<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; the mdp file modified to incorporate the parameters below be<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; sufficient?!!<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Well, assuming those are the appropriate cutoff&#39;s for your force<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; field, and the rest of your .mdp file is satisfactory (and you<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; actually specify PME), then it is probably reasonable enough.<br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -Justin<br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ns_type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;grid<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1.0<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; rcoulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1.0<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1.4<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; vdwtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;cut-off<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; fourierspacing = 0.12<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; fourier_nx &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; fourier_ny &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; fourier_nx &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pme_order &nbsp; &nbsp; = 4<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ewald_rtol &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1e-5<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; optimize_fft &nbsp; = yes<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; disre &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;simple<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; disre_weighting &nbsp; &nbsp; = &nbsp;equal<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Thanks<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Jayant James<br><br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ------------------------------------------------------------------------<br><br><br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; _______________________________________________<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<br><br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; before posting!<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Can&#39;t post? Read<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -- &nbsp; &nbsp;========================================<br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Justin A. Lemkul<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Graduate Research Assistant<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Department of Biochemistry<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Virginia Tech<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Blacksburg, VA<br>
</div></div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu/" target="_blank">http://vt.edu/</a>&gt; &lt;<a href="http://vt.edu/" target="_blank">http://vt.edu/</a>&gt; | (540) 
<div class="Ih2E3d"><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;231-9080<br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ========================================<br>
<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; _______________________________________________<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
</div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt; 
<div class="Ih2E3d"><br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; posting!<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
</div>
<div>
<div></div>
<div class="Wj3C7c">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br><br><br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-- &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Jayasundar Jayant James<br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp" target="_blank">www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp</a><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp" target="_blank">http://www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp</a>&gt;<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp" target="_blank">http://www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp</a>&gt;)<br><br><br><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;------------------------------------------------------------------------<br>
<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;_______________________________________________<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;before posting!<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br><br>&nbsp; &nbsp;-- &nbsp; &nbsp;========================================<br><br>&nbsp; &nbsp;Justin A. Lemkul<br>&nbsp; &nbsp;Graduate Research Assistant<br>&nbsp; &nbsp;Department of Biochemistry<br>&nbsp; &nbsp;Virginia Tech<br>&nbsp; &nbsp;Blacksburg, VA<br>&nbsp; &nbsp;jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu/" target="_blank">http://vt.edu/</a>&gt; | (540) 231-9080<br>
&nbsp; &nbsp;<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>&nbsp; &nbsp;========================================<br>&nbsp; &nbsp;_______________________________________________<br>
&nbsp; &nbsp;gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>&nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&nbsp; &nbsp;Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>&nbsp; &nbsp;posting!<br>&nbsp; &nbsp;Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
&nbsp; &nbsp;interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>&nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
&nbsp; &nbsp;Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br><br><br><br><br>-- <br>Jayasundar Jayant James<br><br><a href="http://www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp" target="_blank">www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp</a> &lt;<a href="http://www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp" target="_blank">http://www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp</a>&gt;)<br>
<br></div></div></blockquote><br>-- <br>
<div>
<div></div>
<div class="Wj3C7c">========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Graduate Research Assistant<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>========================================<br>_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Jayasundar Jayant James<br>
<br><a href="http://www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp">www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp</a>) <br><br>