<br><br><div class="gmail_quote"><br>
Dear David,</div><div class="gmail_quote"></div><div class="gmail_quote">Did you also use &quot;-ur compact&quot; in trjconv command? It must help if you use dodecahedron or octahedral geometry..</div><p>I also noticed that in 3.3.3 version one should use -pbc mol (not -pbc whole) parameter, but in 3.3.1 I&#39;m using &quot;-pbc whole -ur compact&quot; in 3.3.1..<br>
</p><p>Sorry if it didn&#39;t help.</p><p>Sincerely,</p><p>Iakov</p>