
<HTML>

<FONT style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: tahoma">

<DIV>Hi, <SPAN class=sender>David van der Spoel</SPAN>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>I used the periodic boundary conditions.&nbsp;The box 

is&nbsp;3.006x3.002x6.000&nbsp;along x,y,z 

direction,respectively.The&nbsp;following&nbsp;is the em.mdp file. </DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>;<BR>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; User xiao<BR>

;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2008.9.28 10:23<BR>

;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Input file<BR>;<BR>

cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; /usr/bin/cpp<BR>

define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; -DFLEXIBLE<BR>

constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; none<BR>

integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 

steep<BR>

nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 20000<BR>

nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 1<BR>

ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; grid<BR>

rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 0.8<BR>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; cut-off<BR>

rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 1.2<BR>

vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; cut-off<BR>

rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 1.2<BR>

Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; no<BR>

Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; no<BR>

gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; no<BR></DIV>

<DIV>Please help me. Thanks again!</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>H. Y.&nbsp;Xiao<BR>&nbsp;</DIV></FONT>

</HTML>