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<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>The cosine content is not the most important property you should look at.<br>Like any type of analysis, you should check the convergence.<br>The simplest way of doing this is cutting your trajectory in, for instance,<br>four parts and determining the correlation.<br>g_anaeig will always print the covariance matrix overlap when two eigenvector<br>files are provided.<br><br>Note that PCA by itself does not do any interpretation.<br>One can always perform PCA on any length of trajectory.<br>In most cases the first PC's will be the slowest converging<br>properties of a system. But is it up to the scientist to properly<br>interpret the results. In many cases there might not be a lot<br>of useful information. On the other hand, if you are looking<br>for a specific effect there might be.<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Sun, 11 Jan 2009 18:51:03 +0000<br>&gt; From: t.piggot@bristol.ac.uk<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] eigenvalues<br>&gt; <br>&gt; So just to make sure i got this correct, when looking at the cosine content <br>&gt; of the principal components i should look at the whole trajectory? Do i <br>&gt; need to include the initial relaxation in the first few ns of the <br>&gt; production simulation?<br>&gt; <br>&gt; If there is a high cosine content for the whole trajectory is there <br>&gt; anything else to be done (if i want to look at the low frequency motions of <br>&gt; the trajectory) except for simulate for longer (i have a very large system <br>&gt; so not the favoured option!)?<br>&gt; <br>&gt; As you say it seems that lots of people use PCA on short trajectories, even <br>&gt; of large systems, which to me is confusing<br>&gt; <br>&gt; Thanks for any insights you can give<br>&gt; <br>&gt; Tom<br>&gt; <br>&gt; --On Saturday, January 10, 2009 11:49:18 +0100 Tsjerk Wassenaar <br>&gt; &lt;tsjerkw@gmail.com&gt; wrote:<br>&gt; <br>&gt; &gt; Hi Sanjay,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Imagine yourself zig-zagging along a line from one place to another.<br>&gt; &gt; If you look at you're motion (and the variance), you'll find that if<br>&gt; &gt; you only look at blocks most of it is explained by the zig-zag and<br>&gt; &gt; nicely periodic (no cosine content as in Berk Hess' paper). Good, you<br>&gt; &gt; think. But if you look at the whole travel, the most important<br>&gt; &gt; contribution is the going from one place to another, and if you look<br>&gt; &gt; at you're displacement over time with respect to the mean, that will<br>&gt; &gt; give you half a cosine. The fact that results in a block do not fit a<br>&gt; &gt; cosine does not take away the fact that you're still in the process of<br>&gt; &gt; relaxation. I know it's not what you want to hear, but I've seen it<br>&gt; &gt; happen to a complex of &gt;600 residues, where relaxation took more than<br>&gt; &gt; 30 ns. I also know that people often do PCA on short time<br>&gt; &gt; trajectories, but it's not the proper thing to do.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Cheers,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Tsjerk<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; On Sat, Jan 10, 2009 at 7:34 AM,  &lt;sanjay23@iitb.ac.in&gt; wrote:<br>&gt; &gt;&gt; Hi Tsjerk,<br>&gt; &gt;&gt; thanks<br>&gt; &gt;&gt; actually my protein is quite larg (509 aa).i had divided my trajectory in<br>&gt; &gt;&gt; different part and according to your suggestion i calculated<br>&gt; &gt;&gt; cosine-content for all, and find that trajectory from 5to15 ns and<br>&gt; &gt;&gt; 18to25ns having cosine value very less about 0.03 in both cases(with and<br>&gt; &gt;&gt; without ligands), while other combination showing higher values (&gt;0.6).so<br>&gt; &gt;&gt; i think my system is Ist converges around 5ns and maintaining it up to 15<br>&gt; &gt;&gt; ns after that it may be few conformational fluctuation occurring and<br>&gt; &gt;&gt; finally it get stabilized from 18to15ns.may that part 15to18ns trajectory<br>&gt; &gt;&gt; is transition period between to conformational fluctuation. i have also<br>&gt; &gt;&gt; calculated temp. and pressure during whole simulation and i find that it<br>&gt; &gt;&gt; is exact Gaussian between 5to25ns.so my confusion is whether i take my<br>&gt; &gt;&gt; trajectory for ED analysis is from 5to15 or 18to25 or whole from 5to25,<br>&gt; &gt;&gt; but 5to25 showing value of cosine &gt;0.6.<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt;&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt;&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before<br>&gt; &gt;&gt; posting! Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt;&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt;&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; --<br>&gt; &gt; Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>&gt; &gt; Junior UD (post-doc)<br>&gt; &gt; Biomolecular NMR, Bijvoet Center<br>&gt; &gt; Utrecht University<br>&gt; &gt; Padualaan 8<br>&gt; &gt; 3584 CH Utrecht<br>&gt; &gt; The Netherlands<br>&gt; &gt; P: +31-30-2539931<br>&gt; &gt; F: +31-30-2537623<br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; ----------------------<br>&gt; TJ Piggot<br>&gt; t.piggot@bristol.ac.uk<br>&gt; University of Bristol, UK.<br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
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