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<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>You don't indicate which xvg file was 0, I guess pullf.xvg.<br>Could it be that you did not specify a force constant, meaning fc=0?<br><br>Berk<br><br>&gt; From: genesup@gmail.com<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Date: Tue, 13 Jan 2009 14:26:47 +0300<br>&gt; Subject: [gmx-users] Pull Code problems<br>&gt; <br>&gt; Hello,<br>&gt; <br>&gt; I am trying to run a pulling simulation with gromacs 4.0.2.<br>&gt; <br>&gt; I have appended the following pull code to the mdp file:<br>&gt; <br>&gt; ;-----------PULL CODE ---------------------<br>&gt; <br>&gt; pull        =        umbrella<br>&gt; pull_geometry        = direction<br>&gt; pull_group0        = r_500<br>&gt; pull_group1        = r_535<br>&gt; pull_vec1        = -1.306 1.355 -0.319<br>&gt; <br>&gt; Where r_500 is the group I am expecting to be pulled,<br>&gt;       r_535 - the reference (the acid that is in fact in contact with<br>&gt; r_500)<br>&gt; <br>&gt; I have left all remaining parameters with default values. <br>&gt; <br>&gt; The problem is that NOTHING HAPPENED! XVG file had 0.0000 throughout<br>&gt; simulation indicating that distance between pull group and reference<br>&gt; group was 0! <br>&gt; <br>&gt; 1/ What did I do wrong?<br>&gt; 2/ Is there any pull code tutorial for gromacs 4 (not previous<br>&gt; version)? <br>&gt; <br>&gt; Thank you!<br>&gt; SDA<br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />What can you do with the new Windows Live? <a href='http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx' target='_new'>Find out</a></body>
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