<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>Could you mail the exact lines in the output which tell you this?<br>In the energy minimization the atom count should start at 1.<br>Which version of Gromacs are you using?<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Wed, 14 Jan 2009 14:13:57 -0800<br>&gt; From: ttrudeau@uvic.ca<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: [gmx-users] How does MDrun number atoms?<br>&gt; <br>&gt; Our minimization ended with a large net force on "atom 0." Since there is<br>&gt; no atom 0 in our .gro, .top, or .ndx files, is mdrun re-numbering the<br>&gt; atoms in our system according to some scheme, or is this an indication<br>&gt; that something very wrong is happening?<br>&gt; <br>&gt; -Travis Trudeau, MSc. student at University of Victoria<br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>