<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am new to Gromacs, I am using V3.3.3. I have run the MD simulation (using explicit solvent) for 1ns for my protein of interest and also the examples which has given in the Manual.<br>I am getting same kind of graph for the both proteins by plotting CA vs time. The graph shows RMSD value lies in the range of 0.03-0.02. I dunno where i am missing or is there any problem in v. 3.3.3<br>thanks<br>Bala<br><div><br><br></div></td></tr></table><br>
      <!--6--><hr size=1></hr> Add more friends to your messenger and enjoy! <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_messenger_6/*http://messenger.yahoo.com/invite/"> Invite them now.</a>