<div>thank you for the rational explanation. </div>
<div>but&nbsp;is the&nbsp;free&nbsp;energy change in&nbsp;the charge on/off step(~10kJ/mol)&nbsp;small enough to ignore the flucturations?&nbsp;&nbsp;The free energy change in the LJ mutation step is about 8kJ/mol.&nbsp;&nbsp;<br><br></div>
<div class="gmail_quote">On Fri, Jan 16, 2009 at 11:56 PM, Jochen Hub <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jhub@gwdg.de">jhub@gwdg.de</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div class="Ih2E3d">friendli wrote:<br>&gt; Dear all,<br>&gt;<br>&gt; When I performing mutation free energy calculation from Leu to &nbsp;Ala, I<br>&gt; first turn off the charge on the side chain of Leu. As I read from the<br>
&gt; GMX archive, the dG/dl curve should be rather smooth for turning off the<br>&gt; partial charge.<br>&gt; In this step(charge off/on), however, I can not obtain the expected<br>&gt; smooth dGdl curve.(see the attachment). I did not use soft-core in this<br>
&gt; step.<br>&gt; Is this normal because the mutation is relatively large? If not, what<br>&gt; could be the problem?<br><br></div>The partial charges of the sidechaines of apolar AA (such as Leu) are<br>almost zero, that&#39;s why your dGdl is almost zero. Only because of the<br>
small dgdl your curve looks non-smooth, but that&#39;s just a scale issue here.<br><br>Best,<br>Jochen<br>
<div>
<div></div>
<div class="Wj3C7c"><br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; the following is part of the topology file.<br>&gt;<br>&gt; &nbsp; &nbsp;17 &nbsp; opls_238 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;LEU &nbsp; &nbsp; &nbsp;N &nbsp; &nbsp; &nbsp;7 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.5 &nbsp; &nbsp;14.0067 &nbsp; ;<br>&gt; qtot 0.5<br>&gt; &nbsp; &nbsp;18 &nbsp; opls_241 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;LEU &nbsp; &nbsp; &nbsp;H &nbsp; &nbsp; &nbsp;7 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.008 &nbsp; ;<br>
&gt; qtot 0.8<br>&gt; &nbsp; &nbsp;19 &nbsp;opls_224B &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;LEU &nbsp; &nbsp; CA &nbsp; &nbsp; &nbsp;7 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.14 &nbsp; &nbsp; 12.011 &nbsp; ;<br>&gt; qtot 0.94<br>&gt; &nbsp; &nbsp;20 &nbsp; opls_140 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;LEU &nbsp; &nbsp; HA &nbsp; &nbsp; &nbsp;7 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.06 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.008 &nbsp; ;<br>&gt; qtot 1<br>&gt; &nbsp; &nbsp;21 &nbsp; opls_136 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;LEU &nbsp; &nbsp; CB &nbsp; &nbsp; &nbsp;8 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.12 &nbsp; &nbsp; 12.011<br>
&gt; opls_136 &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; 12.011 ; qtot 0.88<br>&gt; &nbsp; &nbsp;22 &nbsp; opls_140 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;LEU &nbsp; &nbsp;HB1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;8 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.06 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.008<br>&gt; opls_140 &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.008 ; qtot 0.94<br>&gt; &nbsp; &nbsp;23 &nbsp; opls_140 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;LEU &nbsp; &nbsp;HB2 &nbsp; &nbsp; &nbsp;8 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.06 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.008<br>
&gt; opls_140 &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.008 ; qtot 1<br>&gt; &nbsp; &nbsp;24 &nbsp; opls_137 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;LEU &nbsp; &nbsp; CG &nbsp; &nbsp; &nbsp;9 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.06 &nbsp; &nbsp; 12.011<br>&gt; opls_137 &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; 12.011 ; qtot 0.94<br>&gt; &nbsp; &nbsp;25 &nbsp; opls_140 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;LEU &nbsp; &nbsp; HG &nbsp; &nbsp; &nbsp;9 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.06 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.008<br>
&gt; opls_140 &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.008 ; qtot 1<br>&gt; &nbsp; &nbsp;26 &nbsp; opls_135 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;LEU &nbsp; &nbsp;CD1 &nbsp; &nbsp; 10 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.18 &nbsp; &nbsp; 12.011<br>&gt; opls_135 &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; 12.011 ; qtot 0.82<br>&gt; &nbsp; &nbsp;27 &nbsp; opls_140 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;LEU &nbsp; HD11 &nbsp; &nbsp; 10 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.06 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.008<br>
&gt; opls_140 &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.008 ; qtot 0.88<br>&gt; &nbsp; &nbsp;28 &nbsp; opls_140 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;LEU &nbsp; HD12 &nbsp; &nbsp; 10 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.06 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.008<br>&gt; opls_140 &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.008 ; qtot 0.94<br>&gt; &nbsp; &nbsp;29 &nbsp; opls_140 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;LEU &nbsp; HD13 &nbsp; &nbsp; 10 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.06 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.008<br>
&gt; opls_140 &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.008 ; qtot 1<br>&gt; &nbsp; &nbsp;30 &nbsp; opls_135 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;LEU &nbsp; &nbsp;CD2 &nbsp; &nbsp; 11 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.18 &nbsp; &nbsp; 12.011<br>&gt; opls_135 &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; 12.011 ; qtot 0.82<br>&gt; &nbsp; &nbsp;31 &nbsp; opls_140 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;LEU &nbsp; HD21 &nbsp; &nbsp; 11 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.06 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.008<br>
&gt; opls_140 &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.008 ; qtot 0.88<br>&gt; &nbsp; &nbsp;32 &nbsp; opls_140 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;LEU &nbsp; HD22 &nbsp; &nbsp; 11 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.06 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.008<br>&gt; opls_140 &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.008 ; qtot 0.94<br>&gt; &nbsp; &nbsp;33 &nbsp; opls_140 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;LEU &nbsp; HD23 &nbsp; &nbsp; 11 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.06 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.008<br>
&gt; opls_140 &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.008 ; qtot 1<br>&gt; &nbsp; &nbsp;34 &nbsp; opls_235 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;LEU &nbsp; &nbsp; &nbsp;C &nbsp; &nbsp; 12 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.5 &nbsp; &nbsp; 12.011 &nbsp; ;<br>&gt; qtot 1.5<br>&gt; &nbsp; &nbsp;35 &nbsp; opls_236 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;LEU &nbsp; &nbsp; &nbsp;O &nbsp; &nbsp; 12 &nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.5 &nbsp; &nbsp;15.9994 &nbsp; ;<br>&gt; qtot 1<br>
&gt;<br>&gt; thank you<br>&gt;<br>&gt; Qiang<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br></div></div>&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>
&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br><br><br>--<br>************************************************<br>Dr. Jochen Hub<br>
Max Planck Institute for Biophysical Chemistry<br>Computational biomolecular dynamics group<br>Am Fassberg 11<br>D-37077 Goettingen, Germany<br>Email: jhub[at]<a href="http://gwdg.de/" target="_blank">gwdg.de</a><br>Tel.: +49 (0)551 201-2312<br>
************************************************<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>