<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>Are the two chains in a single molecule definition or in two molecule definitions?<br><br>There are no chain identifiers written in the tpr file.<br>But mdrun of Gromacs 4.0 will automatically generate chain identifiers for each molecule.<br>In Gromacs 3 no chain identifiers will be written.<br><br>You can always run trjconv with for -s a pdb file with chain identifiers<br>and they will be copied to the pdb output.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Mon, 19 Jan 2009 16:45:50 +0800<br>From: nomadoro@gmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: [gmx-users] mdrun output conformation file loses chain identifier<br><br><div>Hello!</div>
<div>I'm using GROMACS to perform a double-chain MD simulation. It surprises me that the mdrun output conformation file ( specified by -c ) contains no more chain identifier ( A or B ) that exists in the original input PDB file. So can someone tell me how to re-integrate the chain identifier into the output conformation file? <br clear="all">
<br>-- <br>SUN Li<br>Department of Physics<br>Nanjing University, China<br></div><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>