<div>Hello,<br><br>I am running a simulation of 50000 time steps and am trying
to avoid setting nstxtcout = 1 or nstxout = 1.&nbsp; The file size becomes
unmanageable if I set either of these two parameters to 1.&nbsp; I do not need
the coordinates for all atoms in the system, just the alpha carbons, which are
grouped in the index file, but I do need coordinates for each time step.&nbsp;
Is there any way of specifying in the parameter file to only output the
coordinates for the alpha carbons?&nbsp; Thanks!<br><br>--Venk &nbsp;
<br><br>______________________________<br><br>Venkatesh Hariharan<br>The
Pennsylvania State University<br>Schreyer Honors College<br>Undergraduate -
Bioengineering<br><br>"You must be the change you wish to see in the
world."<br>--Mohandas Karamchand Gandhi<br><br><br></div>