Thanks.&nbsp; <br><br>I used the PDB file with H .&nbsp; It works though it&#39;s still a mystery for me why PDB file without H couldn&#39;t work.<br>&nbsp;<br><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jan 20, 2009 at 1:53 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
<br>
Liu Shiyong wrote:<br>
<br>
&lt;snip&gt;<br>
<br>
The problem lies here:<div class="Ih2E3d"><br>
<br>
Including chain 1 in system: 1296 atoms 125 residues<br>
Including chain 2 in system: 1274 atoms 123 residues<br>
Including chain 3 in system: 2085 atoms 201 residues<br>
<br></div>
This suggests that chain 2 (Protein B) should contain numbers up to about 2500.<div class="Ih2E3d"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;ATOM &nbsp; 1996 &nbsp;O &nbsp; ASN B 248 &nbsp; &nbsp; &nbsp;49.634 &nbsp; 9.874 &nbsp;85.195 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;ATOM &nbsp; 1997 &nbsp;OXT ASN B 248 &nbsp; &nbsp; &nbsp;50.217 &nbsp;10.536 &nbsp;83.158 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;TER<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;ATOM &nbsp; 1998 &nbsp;N &nbsp; GLY C 249 &nbsp; &nbsp; &nbsp;70.273 &nbsp;30.186 &nbsp;73.098 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;ATOM &nbsp; 1999 &nbsp;CA &nbsp;GLY C 249 &nbsp; &nbsp; &nbsp;68.973 &nbsp;30.327 &nbsp;72.421 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
This is the original .pdb file, then? &nbsp;The hydrogens will be missing from the appropriate groups in the pdb2gmx-processed output structures. &nbsp;You can check the numbering (and pertinent charge groups) in the topology for each chain, to be sure.<div class="Ih2E3d">
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; make_ndx -f ${df}.pdb &nbsp;-o ${file}.ndx &gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;${file}.output.make_ndx<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;&lt; _EOF_<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; del 0-9<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; chain A and B<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; chain C<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; q<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; _EOF_<br>
</blockquote>
<br></div>
This should work, with the right input :)<br><font color="#888888">
<br>
-Justin</font><div><div></div><div class="Wj3C7c"><br>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Shiyong Liu<br>Postdoc<br>center for bioinformatics in the university of kansas<br>Lab: (785)864-1962<br>Email: <a href="mailto:syliu@ku.edu">syliu@ku.edu</a> (<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu">shiyongliu@ku.edu</a> or <a href="mailto:liushiyong@ku.edu">liushiyong@ku.edu</a>)<br>
Homepage: <a href="http://www.people.ku.edu/~syliu">http://www.people.ku.edu/~syliu</a><br>Lab: &nbsp; &nbsp;<a href="http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people">http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people</a><br>Phone:         &nbsp; &nbsp; &nbsp;(785) 864-1962<br>