<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV>Dear all,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I am running MD simulaiton using Gromacs for alpha-helilx polyalanine solution. The initial configuraiton of polyalanine peptide was generated using Discovery Studio. I follow the procedure below:</DIV>
<DIV>1: solvate the polyalanine in a water box<BR>2: energy minimization (steep for 5000 steps and cg for some steps until convergence)</DIV>
<DIV>3: position restraint MD for 200 ps in NVT</DIV>
<DIV>4: position restraint MD for 200 ps in NPT</DIV>
<DIV>After that, I run MD simulation. The strange things is that the alpha-helix&nbsp;polyalanine melt during MD simulation,&nbsp;and it became random coil after several nano seconds.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Did any one encount such problem? </DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks very much,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Jianguo</DIV>
<DIV>Dept. Chemcial and Biomolecular Engineering</DIV>
<DIV>National University of Singapore</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><BR>&nbsp;</DIV></td></tr></table><br>