Hi,<br><br>&nbsp;I got an error when do grompp:&nbsp;&nbsp; The input PDB file comes from the output of GROMACS by trajconv command.<br><br><b>Here is the log from grompp:</b><br><br clear="all">Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<br>
------------------------------------------------------------<br>&nbsp; -f&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; em.mdp&nbsp; Input, Opt!&nbsp; grompp input file with MD parameters<br>&nbsp;-po&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mdout.mdp&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; grompp input file with MD parameters<br>&nbsp; -c r-l_103703_G53a6.minim_traj_withH_0.6.gro&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; structure: gro g96 pdb tpr tpb tpa xml<br>&nbsp; -r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; conf.gro&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic structure: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xml<br>&nbsp;-rb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; conf.gro&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic structure: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xml<br>&nbsp; -n r-l_103703_G53a6.minim_traj_withH_0.6.ndx&nbsp; Input, Opt!&nbsp; Index file<br>-deshuf&nbsp; deshuf.ndx&nbsp; Output, Opt. Index file<br>&nbsp; -p r-l_103703_G53a6.minim_traj_withH_0.6.top&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Topology file<br>
&nbsp;-pp&nbsp; processed.top&nbsp; Output, Opt. Topology file<br>&nbsp; -o r-l_103703_G53a6.minim_traj_withH_0.6.input.tpr&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; run input: tpr tpb tpa xml<br>&nbsp; -t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; traj.trr&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Full precision trajectory: trr trj<br>
&nbsp; -e&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ener.edr&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic energy: edr ene<br><br>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Type&nbsp;&nbsp; Value&nbsp;&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------<br>-[no]h&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Print help info and quit<br>
-[no]X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Use dialog box GUI to edit command line options<br>-nice&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set the nicelevel<br>-[no]v&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Be loud and noisy<br>-time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; -1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Take frame at or first after this time.<br>
-np&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generate statusfile for # nodes<br>-[no]shuffle bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Shuffle molecules over nodes<br>-[no]sort&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Sort molecules according to X coordinate<br>-[no]rmvsbds bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Remove constant bonded interactions with virtual<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sites<br>-load&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; string&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Releative load capacity of each node on a<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; parallel machine. Be sure to use quotes around<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; the string, which should contain a number for<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; each node<br>-maxwarn&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of warnings after which input processing<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; stops<br>-[no]check14 bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Remove 1-4 interactions without Van der Waals<br>
-[no]zero&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set parameters for bonded interactions without<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; defaults to zero instead of generating an error<br>-[no]renum&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Renumber atomtypes and minimize number of<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; atomtypes<br><br><br>Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.1#<br>checking input for internal consistency...<br>Generated 165 of the 1596 non-bonded parameter combinations<br>Excluding 3 bonded neighbours for Protein_A 1<br>
Excluding 3 bonded neighbours for Protein_B 1<br>Excluding 3 bonded neighbours for Protein_D 1<br>Excluding 3 bonded neighbours for Protein_E 1<br>NOTE:<br>&nbsp; System has non-zero total charge: -4.000003e+00<br><br>processing coordinates...<br>
double-checking input for internal consistency...<br>WARNING 1 [file &quot;r-l_103703_G53a6.minim_traj_withH_0.6.top&quot;, line 41]:<br>&nbsp; With nstlist=0 atoms are only put into the box at step 0, therefore<br>&nbsp; drifting atoms might cause the simulation to crash.<br>
renumbering atomtypes...<br>converting bonded parameters...<br>initialising group options...<br>processing index file...<br>Making dummy/rest group for T-Coupling containing 6415 elements<br>Making dummy/rest group for Acceleration containing 6415 elements<br>
Making dummy/rest group for Freeze containing 6415 elements<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program grompp, VERSION 3.3.3<br>Source code file: ../../../../src/kernel/readir.c, line: 838<br>
<br><font size="4"><b>Fatal error:<br>Invalid atom number 6415 in indexfile</b></font><br>-------------------------------------------------------<br><br>&quot;Bailed Out Of Edge Synchronization After 10,000 Iterations&quot; (X/Motif)<br>
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Gnomes, ROck Monsters And Chili Sauce<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION 3.3.3&nbsp; (-:<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out <a href="http://www.gromacs.org">http://www.gromacs.org</a> for more information.<br>
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later version.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; grompp&nbsp; (-:<br><br>creating statusfile for 1 node...<br>calling /usr/bin/cpp...<br>processing topology...<br>
#&nbsp;&nbsp; G96BONDS:&nbsp;&nbsp; 6557<br>#&nbsp; G96ANGLES:&nbsp;&nbsp; 9621<br>#&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; PDIHS:&nbsp;&nbsp; 3328<br>#&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; IDIHS:&nbsp;&nbsp; 3469<br>#&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ14:&nbsp;&nbsp; 10148<br><br><b>Here is the log from make_ndx:</b><br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:<br>
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Gnomes, ROck Monsters And Chili Sauce<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION 3.3.3&nbsp; (-:<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out <a href="http://www.gromacs.org">http://www.gromacs.org</a> for more information.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later version.<br><br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; make_ndx&nbsp; (-:<br><br>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------------<br>&nbsp; -f r-l_103703_G53a6.minim_traj_withH.pdb&nbsp; Input, Opt!&nbsp; Generic structure:<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gro g96 pdb tpr tpb tpa xml<br>&nbsp; -n&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; index.ndx&nbsp; Input, Opt., Mult. Index file<br>&nbsp; -o r-l_103703_G53a6.minim_traj_withH_0.6.ndx&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Index file<br><br>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Type&nbsp;&nbsp; Value&nbsp;&nbsp; Description<br>
------------------------------------------------------<br>-[no]h&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Print help info and quit<br>-[no]X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Use dialog box GUI to edit command line options<br>-nice&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set the nicelevel<br>
-natoms&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; set number of atoms (default: read from<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; coordinate or index file)<br><br><br>Reading structure file<br>Opening library file /usr/share/gromacs/top/aminoacids.dat<br>
<br>gcq#137: &quot;Shit Happens&quot; (Pulp Fiction)<br><br>Going to read 0 old index file(s)<br>Analysing residue names:<br>There are:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OTHER residues<br>There are:&nbsp;&nbsp; 603&nbsp;&nbsp;&nbsp; PROTEIN residues<br>There are:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; DNA residues<br>
Analysing Protein...<br><br>&nbsp; 0 System&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 6416 atoms<br>&nbsp; 1 Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 6416 atoms<br>&nbsp; 2 Protein-H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 4898 atoms<br>&nbsp; 3 C-alpha&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp; 603 atoms<br>&nbsp; 4 Backbone&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 1809 atoms<br>
&nbsp; 5 MainChain&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 2416 atoms<br>&nbsp; 6 MainChain+Cb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 2982 atoms<br>&nbsp; 7 MainChain+H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 2997 atoms<br>&nbsp; 8 SideChain&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 3419 atoms<br>&nbsp; 9 SideChain-H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 2482 atoms<br><br>&nbsp;nr : group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; !&nbsp;&nbsp; &#39;name&#39; nr name&nbsp;&nbsp; &#39;splitch&#39; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp; Enter: list groups<br>
&nbsp;&#39;a&#39;: atom&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &amp;&nbsp;&nbsp; &#39;del&#39; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &#39;splitres&#39; nr&nbsp;&nbsp; &#39;l&#39;: list residues<br>&nbsp;&#39;t&#39;: atom type&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp; &#39;keep&#39; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &#39;splitat&#39; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp; &#39;h&#39;: help<br>&nbsp;&#39;r&#39;: residue&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &#39;res&#39; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &#39;chain&#39; char<br>
&nbsp;&quot;name&quot;: group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &#39;case&#39;: case sensitive&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &#39;q&#39;: save and quit<br><br>&gt; <br>Removed group 1 &#39;Protein&#39;<br>Removed group 2 &#39;Protein-H&#39;<br>Removed group 3 &#39;C-alpha&#39;<br>
Removed group 4 &#39;Backbone&#39;<br>Removed group 5 &#39;MainChain&#39;<br>Removed group 6 &#39;MainChain+Cb&#39;<br>Removed group 7 &#39;MainChain+H&#39;<br>Removed group 8 &#39;SideChain&#39;<br>Removed group 9 &#39;SideChain-H&#39;<br>
<br>&gt; <br>Found 2378 atoms with chain identifiers D AND E<br><br>&nbsp; 1 chDANDE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 2378 atoms<br><br>&gt; <br>Found 4038 atoms with chain identifiers A AND B<br><br>&nbsp; 2 chAANDB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 4038 atoms<br><br>
&gt; <br><br><br>-- <br>Shiyong Liu<br>Postdoc<br>center for bioinformatics in the university of kansas<br>Lab: (785)864-1962<br>Email: <a href="mailto:syliu@ku.edu">syliu@ku.edu</a> (<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu">shiyongliu@ku.edu</a> or <a href="mailto:liushiyong@ku.edu">liushiyong@ku.edu</a>)<br>
Homepage: <a href="http://www.people.ku.edu/~syliu">http://www.people.ku.edu/~syliu</a><br>Lab: &nbsp; &nbsp;<a href="http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people">http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people</a><br>Phone:         &nbsp; &nbsp; &nbsp;(785) 864-1962<br>